Khi thực hiện kiểm tra sau thông quan, Tổng cục Hải quan phát hiện tình trạng doanh nghiệp Nhà nước đã cổ phần hóa nhưng chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, nhưng không bàn giao khoản thuế phải nộp ngân sách sang công ty cổ phần. Căn cứ khoản 2 điều 16 Nghị định số 109/2007/NĐ-CP ngày 26/6/2007 của Chính phủ về chuyển doanh nghiệp 100% vốn nhà nước thành công ty cổ phần, Bộ Tài chính hướng dẫn xử lý các trường hợp này như sau:

1. Xử lý đối với khoản thuế phải nộp ngân sách phát sinh trước thời điểm doanh nghiệp thực hiện cổ phần hóa:

a. Trường hợp doanh nghiệp chưa quyết toán và bàn giao khoản thuế phải nộp ngân sách sang công ty cổ phần thì doanh nghiệp cổ phần hóa phải nộp thuế và được trừ vào phần vốn nhà nước khi bàn giao sang công ty cổ phần.

b. Trường hợp doanh nghiệp đã quyết toán và bàn giao khoản thuế phải nộp ngân sách sang công ty cổ phần thì báo cáo Bộ Tài chính để xử lý từng trường hợp cụ thể.

2. Để không phát sinh thêm các trường hợp tương tự này:

a. Đề nghị cơ quan quyết định cổ phần hóa (các Bộ, tỉnh, thành phố, tập đoàn, tổng công ty Nhà nước) gửi cơ quan thuế và cơ quan hải quan kế hoạch cổ phần hóa các doanh nghiệp trực thuộc. Cụ thể như sau:

- Kế hoạch thực hiện cổ phần hóa của các bộ, tập đoàn, tổng công ty được gửi tới Tổng cục Thuế và Tổng cục Hải quan.

- Kế hoạch thực hiện cổ phần hóa của các tỉnh, thành phố được gửi về Cục Thuế và Cục Hải quan tỉnh, thành phố liên quan.

- Thời gian gửi báo cáo là trước ngày 15 của tháng trước Quý thực hiện cổ phần hóa.

b. Các Công ty khi thực hiện cổ phần hóa phải thông báo với cơ quan Thuế, cơ quan Hải quan liên quan để tiến hành kiểm tra sau thông quan, quyết toán tiền thuế.

c. Cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan phải tổ chức kiểm tra sau thông quan và quyết toán thuế kịp thời để doanh nghiệp tiến hành cổ phần hóa thuận lợi.