Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa.

Trả lời Công văn số 8118/CT-TTHT ngày 22/12/2010 Cục thuế tỉnh Khánh Hòa đề nghị hướng dẫn việc hoàn thuế GTGT do dự án đầu tư mới, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Điều 14 Chương II Luật Doanh nghiệp số 60/2005/QH11 được Quốc hội thông qua ngày 29/11/2005 hướng dẫn:

“Điều 14. Hợp đồng trước đăng ký kinh doanh

1. Thành viên, cổ đông sáng lập hoặc người đại diện theo ủy quyền được ký các loại hợp đồng phục vụ cho việc thành lập và hoạt động của doanh nghiệp trước khi đăng ký kinh doanh.

2. Trường hợp doanh nghiệp được thành lập thì doanh nghiệp là người tiếp nhận quyền và nghĩa vụ phát sinh từ hợp đồng đã ký kết quy định tại khoản 1 Điều này.

3. Trường hợp doanh nghiệp không được thành lập thì người ký kết hợp đồng theo quy định tại khoản 1 Điều này chịu trách nhiệm hoặc liên đới chịu trách nhiệm tài sản về việc thực hiện hợp đồng đó”;

Tại điểm 3 phần C Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn các trường hợp hoàn thuế GTGT:

“Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động (trừ các doanh nghiệp hạch toán toàn ngành) thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi có đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này”;

Tại mẫu biểu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế có chỉ tiêu số 24: “Thuế GTGT chưa được hoàn bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập trong kỳ”.

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động tại tỉnh Khánh Hòa nhưng có dự án đầu tư tại tỉnh Thừa Thiên Huế, doanh nghiệp đã kê khai qua Cục thuế tỉnh Khánh Hòa số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai tháng 11/2008 theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007. Khi dự án đầu tư đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về thành lập doanh nghiệp mới: đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT đầu vào của dự án chưa được hoàn (có xác nhận của Cục thuế tỉnh Khánh Hòa) để bàn giao cho doanh nghiệp mới để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp (Cục thuế tỉnh Thừa Thiên Huế).

Tổng cục Thuế trả lời để Cục thuế tỉnh Khánh Hòa được biết và hướng dẫn đơn vị thực hiện đúng quy định./.