Kính gửi: Công ty TNHH MTV Vận tải đường sắt Việt Nam
(Địa chỉ: 130 Lê Duẩn, Quận Hai Bà Trưng, Hà Nội)

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 3240/VTHN-TCKT ngày 17/11/2015 của Công ty TNHH Một thành viên Vận tải Đường sắt Hà Nội hỏi về kê khai, nộp thuế GTGT và TNDN. Về vấn đề này, sau khi báo cáo Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ Điều 11, Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ khai thuế giá trị gia tăng;

Căn cứ Điều 16 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi Điều 12 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn khai thuế thu nhập doanh nghiệp.

Theo trình bày của Công ty TNHH một thành viên Vận tải Đường sắt Hà Nội thì:

Công ty TNHH Một thành viên Vận tải Đường sắt Hà Nội có thành lập các Chi nhánh trực thuộc khác tỉnh, thành phố với trụ sở chính do Công ty nắm giữ 100% vốn điều lệ và toàn bộ tài sản. Công ty có 02 hoạt động sản xuất kinh doanh chính:

+ Hoạt động sản xuất kinh doanh vận tải: toàn bộ tiền thu (vé, hoá đơn và MST của Công ty) hạch toán tập trung tại Công ty.

+ Hoạt động kinh doanh dịch vụ hỗ trợ vận tải: do Chi nhánh tự khai thác trên cơ sở lao động, đất đai, năng lực và lợi thế của đơn vị...), là chi phí chủ yếu của hoạt động sản xuất vận tải phát sinh chủ yếu tại các Chi nhánh trực thuộc Công ty nằm tại các tỉnh, thành phố (18 Chi nhánh trực thuộc trải dài từ Bắc và Nam), các Chi nhánh được Công ty cấp kinh phí mua vật tư hàng hoá phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh vận tải và đại diện Công ty ký kết các hợp đồng kinh tế và sử dụng mã số thuế 13 số của Chi nhánh để mua vật tư, hàng hoá.

Trên thực tế, các Chi nhánh không hạch toán đầy đủ được chi phí dịch vụ hỗ trợ vận tải (thiếu các chi phí liên quan tới kinh doanh dịch vụ hỗ trợ vận tải phát sinh tại Công ty) và khi Công ty uỷ quyền cho các Chi nhánh, đơn vị trực thuộc ký hợp đồng kinh tế thì trên hoá đơn mua hàng ghi tên và mã số thuế của Chi nhánh, đơn vị trực thuộc, các Chi nhánh thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT tại Cục Thuế địa phương dẫn đến Cục Thuế địa phương luôn hoàn thuế GTGT cho Chi nhánh trong khi đó do toàn bộ thuế GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh vận tải được hạch toán tại công ty. Hoạt động kinh doanh dịch vụ hỗ trợ vận tải tại các đơn vị trong công ty thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT và thuế TNDN tại địa phương nơi đơn vị đóng trụ sở chính (từ đó dẫn tới đơn vị phụ thuộc có hạch toán chênh lệch thu, chi lớn hơn thì nộp thuế TNDN nhưng đơn vị phụ thuộc hạch toán có chi lớn hơn thu thì không được bù).

Căn cứ quy định nêu trên, để phù hợp với đặc thù của hoạt động vận tải đường sắt, hoạt động kinh doanh dịch vụ vận tải, Tổng cục Thuế hướng dẫn như sau:

1. Về kê khai, nộp thuế GTGT

Công ty TNHH MTV vận tải đường sắt Hà Nội thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh vận tải tại trụ sở chính.

- Chi nhánh Công ty TNHH MTV vận tải đường sắt Hà Nội thực hiện kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh dịch vụ hỗ trợ vận tải tại cơ quan thuế địa phương.

Việc xác định số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với hoạt động kinh

doanh vận tải do Chi nhánh phân bổ về Công ty như sau:

Chi nhánh, đơn vị trực thuộc ký hợp đồng kinh tế mua vật tư hàng hóa phục vụ sản xuất kinh doanh sử dụng tên và MST (13 số) của Chi nhánh, đơn vị trực thuộc. Hàng tháng Chi nhánh lập Bảng phân bổ thuế GTGT đầu vào của Chi nhánh theo hai hoạt động (hoạt động kinh doanh vận tải và hoạt động kinh doanh dịch vụ hỗ trợ vận tải) căn cứ theo tỷ lệ chi phí của hai hoạt động kinh doanh (lấy theo tỷ lệ chi phí năm trước liền kề theo kết quả kinh doanh đã gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp). Căn cứ Bảng phân bổ, Chi nhánh xác định số thuế GTGT đầu vào đối với hoạt động kinh doanh vận tải chuyển về Công ty để Công ty kê khai khấu trừ tại trụ sở chính và xác định thuế GTGT đầu vào đối với hoạt động kinh doanh dịch vụ hỗ trợ vận tải để Chi nhánh kê khai khấu trừ tại cơ quan thuế địa phương.

2. Về kê khai và nộp thuế TNDN:

Công ty TNHH MTV vận tải đường sắt Hà Nội thực hiện kê khai, nộp thuế TNDN tại trụ sở chính đối với 2 hoạt động: hoạt động kinh doanh vận tải và hoạt động kinh doanh dịch vụ hỗ trợ vận tải phát sinh tại chi nhánh, đơn vị trực thuộc hạch toán phụ thuộc.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty TNHH MTV vận tải đường sắt Hà Nội được biết ./.