Căn cứ Quyết định số 728/QĐ-TCT ngày 18/06/2007 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế về việc quy định chức năng của các Phòng thuộc Cục thuế (có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2007 đến 29/03/2010);

Căn cứ Quyết định số 502/QĐ-TCT ngày 29/03/2010 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế về việc quy định chức năng của các Phòng thuộc Cục Thuế (có hiệu lực thi hành từ ngày 29/03/2010):

- Phòng Tuyên truyền Hỗ trợ - NNT có chức năng và nhiệm vụ trực tiếp hỗ trợ Người nộp thuế thuộc Cục thuế quản lý trong việc thực hiện chính sách, pháp luật thuế và các thủ tục hành chính thuế…

- Phòng THNVDT có chức năng và nhiệm vụ hướng dẫn, chỉ đạo, kiểm tra các Chi cục Thuế triển khai chính sách pháp luật thuế, nghiệp vụ quản lý thuế và các quy định về công tác Ủy nhiệm vụ, các khoản thu về đất đai, phí, lệ phí; hướng dẫn, hỗ trợ các bộ phận trong cơ quan thuế thực thi các văn bản luật về thuế và giải quyết các vấn đề về thuế.

- Phòng Pháp chế có chức năng tư vấn, hướng dẫn, hỗ trợ các phòng, các Chi cục Thuế trả lời các vấn đề liên quan đến chính sách thuế đối với các trường hợp phức tạp; tham gia ý kiến đối với các văn bản trả lời do các phòng, Chi cục thuế soạn thảo có vấn đề vướng mắc về chính sách thuế.

Tại Thành phố Hồ Chí Minh để việc thực hiện chính sách thuế được thống nhất. Ngày 29/06/2009 Lãnh đạo cục đã có Thông báo số 1708/TB-CT phân công trách nhiệm giải quyết về chính sách nghiệp vụ thuế, theo đó Phòng TTHT có thêm nhiệm vụ hướng dẫn, trả lời các vướng mắc về chính sách thuế cho các phòng, các Chi cục Thuế. Việc hướng dẫn cho các Chi cục Thuế là hướng dẫn trả lời chung về chính sách. Tuy nhiên trong thời gian vừa qua nhiều Chi cục đã gửi về Cục (P. TTHT) các hồ sơ nêu vướng mắc đề nghị hướng dẫn đối với những trường hợp cụ thể, nhất là trong lĩnh vực về đất đai v.v.

Để việc thực hiện được đồng bộ, đúng chức năng nhiệm vụ của các phòng, Cục Thuế lưu ý như sau:

Phòng TTHT chỉ tư vấn, hỗ trợ trả lời các vướng mắc chung về chính sách thuế cho các Chi cục thuế. Đối với các trường hợp vướng mắc theo từng hồ sơ, trường hợp cụ thể thì các phòng căn cứ chức năng nhiệm vụ đã được quy định tại Quyết định số 502/QĐ-TCT ngày 29/03/2010 để xem xét, hướng dẫn, hỗ trợ các Chi cục thuế giải quyết.

Cục Thuế thông báo để các Phòng và các Chi cục biết và thực hiện.