Trả lời công văn số 2796/UBND-KTTC ngày 03/11/2010 của UBND tỉnh Tây Ninh, công văn số 21/CV-HT-2010 ngày 26/8/2010 của Công ty TNHH đầu tư Hiệp Thành hỏi về việc xác định ưu đãi thuế TNDN đối với thu nhập của doanh nghiệp kinh doanh hạ tầng khu công nghiệp, sau khi báo cáo và xin ý kiến chỉ đạo của Lãnh đạo Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Theo quy định tại Điều 13, Điều 14 Luật Thuế TNDN số 14/2008/QH12 ngày 03/6/2008 của Quốc hội thì các doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư tại khu kinh tế được áp dụng thuế suất 10% trong 15 năm , được miễn thuế TNDN 4 năm và giảm 50% trong 9 năm tiếp theo.

- Tại Điều 3 Quyết định số 144/2004/QĐ-TTg ngày 12/8/2004 của Thủ tướng Chính phủ về bổ sung một số chính sách ưu đãi đối với khu kinh tế Cửa Khẩu Mộc Bài, tỉnh Tây Ninh quy định:

"Các dự án đầu tư vào Khu Thương mại và Công nghiệp thuộc Khu kinh tế cửa khẩu Mộc Bài được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian bốn năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế, được giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong chín năm kế tiếp; được áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong 15 năm kể từ khi dự án đầu tư bắt đầu hoạt động kinh doanh".

- Điểm 2 công văn số 4125/BTC-TCT ngày 23/3/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn về ưu đãi thuế TNDN đối với hoạt động kinh doanh hạ tầng khu công nghiệp hướng dẫn:

"Trường hợp doanh nghiệp kinh doanh phát triển hạ tầng KCN được Nhà nước giao đất, cho thuê đất để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng theo giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư và các doanh nghiệp này đã thực hiện đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng theo giấy phép đã cấp sau đó cho các doanh nghiệp khác trong KCN, KCX, KCNC thuê lại đất đã phát triển hạ tầng, trong hợp đồng cho thuê lại đất gắn với cơ sở hạ tầng ghi rõ quyền, trách nhiệm của bên cho thuê, bên thuê thì toàn bộ thu nhập từ hoạt động này là thu nhập từ hoạt động kinh doanh phát triển hạ tầng và được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định (nếu có)".

- Công văn số 13480/BTC-TC ngày 23/9/2009 hướng dẫn về ưu đãi thuế TNDN đối với hoạt động kinh doanh hạ tầng khu công nghiệp hướng dẫn:

"Doanh nghiệp thành lập trước ngày 1/1/2009, có dự án đầu tư phát triển hạ tầng KCN, KCX, KCNC và dự án được giao đất, cho thuê đất trước ngày 1/1/2009 để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng sau đó các doanh nghiệp này thực hiện đầu tư phát triển hạ tầng và cho các doanh nghiệp trong KCN, KCX, KCNC thuê lại đất đã phát triển hạ tầng thì thu nhập từ hoạt động này là thu nhập từ hoạt động kinh doanh phát triển hạ tầng và được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định.

Các dự án đầu tư này đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thì tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian ưu đãi còn lại căn cứ theo các điều kiện mà dự án đầu tư đáp ứng".

Căn cứ vào những quy định trên, trường hợp Công ty TNHH đầu tư Hiệp Thành thành lập trước ngày 1/1/2009 có hoạt động kinh doanh chính là đầu tư, kinh doanh cơ sở hạ tầng, có dự án đầu tư phát triển hạ tầng KCN (trong khu kinh tế) và dự án được giao đất, cho thuê đất trước ngày 1/1/2009 để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng sau đó Công ty thực hiện đầu tư phát triển hạ tầng và cho các doanh nghiệp trong KCN (trong khu kinh tế) thuê lại đất đã phát triển hạ tầng thì thu nhập từ hoạt động này là thu nhập từ hoạt động kinh doanh phát triển hạ tầng và được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định.

Trường hợp Công ty TNHH đầu tư Hiệp Thành đang trong thời gian ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp có cho thuê lại đất gắn với cơ sở hạ tầng và thu tiền một lần cho nhiều năm, nếu doanh nghiệp lựa chọn phương pháp xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế tính vào một năm trên toàn bộ số tiền thuê bên thuê trả trước cho nhiều năm theo quy định thì số lãi phát sinh của hoạt động này là số lãi của nhiều năm, do vậy khi xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp được ưu đãi của từng năm miễn thuế, giảm thuế thì doanh nghiệp phải căn cứ vào tổng số thuế thu nhập doanh nghiệp của số năm thu tiền trước chia (:) cho số năm bên thuê trả tiền trước.

Trường hợp Công ty TNHH đầu tư Hiệp Thành kinh doanh phát triển hạ tầng KCN (trong khu kinh tế) được Nhà nước giao đất, cho thuê đất để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng sau đó cho thuê lại đất đã phát triển hạ tầng nhưng Công ty không thực hiện đúng theo mục tiêu đã quy định mà chuyển nhượng lại quyền sử dụng đất, quyền thuê đất cho đơn vị khác thì đây là hoạt động chuyển nhượng bất động sản và từ 1/1/2009 phải thực hiện nộp thuế thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, Công ty không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập này.

Trường hợp Công ty TNHH đầu tư Hiệp Thành có thu nhập từ chuyển nhượng tài sản (trừ bất động sản) thì thu nhập này được xác định là thu nhập khác và không áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với khoản thu nhập này.

Tổng cục Thuế trả lời để UBND tỉnh Tây Ninh, Công ty TNHH đầu tư Hiệp Thành biết và đề nghị Công ty TNHH đầu tư Hiệp Thành liên hệ với cơ quan thuế địa phương để được hướng dẫn cụ thể.