Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Gia Lai.

Trả lời công văn số 2517/CT-KTT ngày 12/10/2011 của Cục Thuế tỉnh Gia Lai nêu vướng mắc về chính sách thuế giá trị gia tăng và thu nhập doanh nghiệp, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

Tại Điểm 1.3.b, Mục III, Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào quy định như sau:

"b) Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.

Hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn trên hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hóa đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục riêng trong bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào."

Tại Điểm 1 công văn số 10220/BTC-TCT ngày 20/07/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

"1. Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, ủy nhiệm chi hoặc lệnh chi, ủy nhiệm thu, thẻ ngân hàng và các hình thức thanh toán khác theo quy định."

Căn cứ quy định trên, trường hợp Công ty TNHH Loui Dreyfus Commodities Việt Nam (bên mua) mua cà phê của các cơ sở thu mua cà phê (bên bán) có hóa đơn thanh toán từ 20 triệu đồng trở lên; bên mua thanh toán tiền hàng cho bên bán bằng séc, ủy nhiệm chi; trên tờ séc, ủy nhiệm chi thể hiện số tiền chuyển từ tài khoản của bên mua sang cho bên bán, người nhận tiền của bên bán là cá nhân mang Giấy chứng minh nhân dân tới ngân hàng nhận tiền mặt thì việc thanh toán này không đáp ứng điều kiện chứng từ thanh toán qua ngân hàng để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

2. Ưu đãi về miễn, giảm thuế TNDN:

Tại Khoản 1, Điều 36, Chương VII, Nghị định số 187/2004/NĐ-CP ngày 16/11/2004 của Chính phủ về việc chuyển Công ty Nhà nước thành Công ty cổ phần quy định doanh nghiệp Nhà nước sau khi thực hiện cổ phần hóa được hưởng ưu đãi như sau: "Được hưởng ưu đãi như đối với doanh nghiệp thành lập mới theo quy định của pháp luật về khuyến khích đầu tư mà không cần phải làm thủ tục cấp chứng nhận ưu đãi đầu tư".

Tại Khoản 5, Điều 36, Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp thì cơ sở sản xuất mới thành lập từ dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 02 năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp cho 08 năm tiếp theo.

Tại Khoản 5, Điều 35, Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/02/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp thì cơ sở sản xuất mới thành lập từ dự án đầu tư thực hiện tại địa bàn thuộc Danh mục địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 04 năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp cho 09 năm tiếp theo.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty cổ phần Kon Hà Nừng là doanh nghiệp Nhà nước cổ phần hóa, thực hiện cổ phần hóa năm 2005 thì theo quy định tại Nghị định số 187/2004/NĐ-CP, Công ty được hưởng ưu đãi theo diện cơ sở kinh doanh mới thành lập theo quy định của pháp luật nếu thực tế đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư.

Theo giải trình của Cục thuế tại công văn thì Công ty có Chi nhánh phụ thuộc là Xí nghiệp chế biến lâm sản Quy Nhơn, không thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư thì Chi nhánh sẽ không được hưởng ưu đãi theo diện cơ sở kinh doanh mới thành lập mà hưởng ưu đãi theo thực tế đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Gia Lai biết./.