Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu

Trả lời công văn số 5497/CT-KTr2 ngày 8/9/2010 của Cục Thuế tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu, về việc hoàn trả khoản thu NSNN về thuế giá trị gia tăng (GTGT), Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm 1.3 Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008, quy định về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào;

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm 5.12 Mục IV Phần B thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 09/4/2007; Điểm 2.12 Mục IV Phần B thông tư số 129/2008/TT-BTC của Bộ Tài chính về việc sử dụng hoá đơn, chứng từ;

Căn cứ hướng dẫn tại Công văn số 7602/BTC-TCT ngày 28/5/2009 của Bộ Tài chính về việc điều kiện khấu trừ thuế GTGT;

Căn cứ Biên bản bàn giao số 348/BBBG-CMT GĐI ngày 20/02/2009 giữa Công ty CP Tân Cảng Cái Mép và Công ty Tân Cảng Sài Gòn (Theo Quyết định số 4262/QĐ-BQP ngày 23/12/2008 của Bộ Quốc phòng);

Căn cứ các hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty CP Tân Cảng Cái Mép được thành lập năm 2008 trên cơ sở góp vốn từ các công ty, trong đó Công ty Tân Cảng Sài Gòn là 83,6%. Năm 2006 Công ty Tân Cảng Sài Gòn đầu tư XD một phần cảng container Cái Mép Thượng GĐ I, sau đó Bộ Quốc phòng có QĐ số 4262/QĐ-BQP ngày 23/12/2008 phê duyệt điều chỉnh chức năng chủ đầu tư thực hiện DA xây dựng công trình Container Cái Mép Thượng GĐ I cho Công ty CP Tân Cảng Cái mép thay thế Công ty Tân Cảng Sài Gòn. Hai bên bàn giao số liệu và các hồ sơ hạng mục công trình đã đầu tư xây dựng theo biên bàn bàn giao số 348/BBBG-CMT GĐI ngày 20/02/2009, trong đó có hạng mục công trình hoàn thành chưa nghiệm thu và đang thi công dở dang do cng ty Tân Cảng Sài Gòn đã ứng trước và thanh toán tiền cho nhà thầu nhưng chưa nhận hoá đơn theo hợp đồng đã ký với nhà thầu. Sau khi công trình hoàn thành, nhà thầu phát hành hoá đơn GTGT đối với toàn bộ giá trị công trình cho Công ty CP Tân Cảng Cái Mép. Công ty CP Tân Cảng Cái Mép thanh toán phần còn lại theo quyết toán và đã kê khai thuế GTGT đầu vào là phù hợp với quy định tại Điểm 2.12 Mục IV Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC nêu trên.

Đối với hạng mục công trình chưa nghiệm thu và đang thi công dở dang mà Công ty Tân Cảng Sải Gòn đã ứng trước và thanh toán tiền cho nhà thầu trước ngày 01/01/2009 phù hợp với quy định trong hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng, thì được khấu trừ thuế GTGT đôi với hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hoá đơn có giá thanh toán từ 20 triệu đồng trở lên tương ứng với số tiền đã tạm ứng. Trường hợp sau khi bù trừ tiền tạm ứng trước ngày 01/01/2009, phần thanh toán còn lại có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Công ty CP Tân Cảng Cái Mép và Công ty Tân Cảng Sài Gòn phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của tài liệu và số liệu kê khai.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu biết, hướng dẫn đơn vị thực hiện đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế và các văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan và hướng dẫn tại công văn này./.