Trả lời công văn số 527/DATHCS ngày 26/11/2002 của Dự án phát triển giáo dục trung học cơ sở(THCS) về đề nghị hướng dẫn hoàn thuế VAT, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ Điểm 2.2.2 Mục III Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện chính sách thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức(ODA) thì: “Chủ dự án ODA vay ưu đãi được NSNN cấp phát toàn bộ, hoặc chủ dự án ODA được NSNN cấp phát một phần và một phần cho vay lại, được phê duyệt trước ngày 29/5/2001 (ngày Nghị định số 17/2001/NĐ-CP có hiệu lực thi hành) được hoàn lại số thuế GTGT đã trả khi mua hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT để thực hiện dự án ODA như hướng dẫn tại Điểm 3, Mục IV Thông tư này. Trường hợp chủ dự án ODA giao thầu cho các nhà thầu chính (không phân biệt nhà thầu chính là đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ hay theo phương pháp trực tiếp) thực hiện xây lắp công trình, cung cấp hàng hoá, dịch vụ cho dự án ODA theo giá không có thuế GTGT thì nhà thầu chính  không tính thuế GTGT đầu ra khi lập hoá đơn thanh toán với chủ dự án  nhưng được hoàn lại số  thuế đầu vào của hàng hoá, dịch vụ mua vào  dùng để xây dựng công trình hoặc sản xuất hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT cung cấp theo hợp đồng ký với chủ dự án ODA như hướng dẫn tại Điểm 3 Mục IV Thông tư này”.

Do dự án phát triển giáo dục THCS thực hiện bằng nguồn vốn tín dụng theo Hiệp định số 1537 ngày 17/12/1997 giữa Chính phủ Việt Nam bà Ngân hàng phát triển Châu á là dự án sử dụng nguồn vốn ODA theo cơ chế NSNN đầu tư không hoàn trả ( dự án ODA vay ưu đãi được NSNN cấp phát toàn bộ) thì chủ dự án hoặc nhà thầu chính thuộc đối tượng hoàn lại số thuế đã trả khi mua hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT để thực hiện  dự án. Việc hoàn thuế GTGT thực hiện như sau:

- Đối với các hợp đồng đã thực hiện và chủ dự án đã thanh toán thuế GTGT cho nhà thầu chính thì cần phân biệt:

+ Trường hợp NSNN đã  cấp vốn đối ứng để chủ dự án trả thuế GTGT khi mua hàng hoá dịch vụ trong quá trình thực hiện dự án thì chủ dự án không được hoàn thuế GTGT;

+ Trường hợp các hợp đồng( hoặc một phần hợp đồng) sử dụng nguồn vốn vay để nộp thuế GTGT thì được hoàn thuế GTGT theo quy định. Trường hợp này, Ban Điều hành dự án liên hệ với Cục thuế địa phương nơi thực hiện hợp đồng  để làm thủ tục hoàn thuế theo đúng quy định tại Điểm 3 phần IV Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính nêu trên.

- Đối với các hợp đồng chưa thanh toán, chủ dự án ký lại hợp đồng với các nhà thầu chính theo giá không có thuế GTGT. Khi thanh toán với  chủ dự án, nhà thầu chính không được tính thuế GTGT( hoá đơn GTGT ghi giá thanh toán là giá không có thuế GTGT, dòng  ghi thuế GTGT được gạch chéo ), nhưng được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ mua vào dùng cho xây dựng có trình theo hợp đồng đã ký kết. Trường hợp này, các  nhà thầu thực hiện hợp đồng liên hệ với cục thuế địa phương để làm thủ tục hoàn thuế theo quy định tại Điểm 3 phần IV Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính. Đối với chủ dự án thì phải có trách nhiệm ghi tăng vốn NSNN cấp đối với số thuế GTGT hoàn cho chủ dự án và nhà thầu chính như hướng dẫn tại Thông tư số 42/2001/TT-BTC ngày 12/6/2001 của Bộ Tài chính.

Tổng cục thuế thông báo để Dự án phát triển giáo dục THCS biết và thực hiện./.