Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1371/TCT-KTTC ngày 17/5/2012, công văn số 2065/TCT-GTTN ngày 13/7/2012, công văn số 2354/TCT-GTTN ngày 08/8/2012, công văn số 2961/TCT-GTTN ngày 18/9/2012 của Tổng công ty cấp nước Sài gòn TNHH một thành viên về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm 3 Phần C Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08 tháng 12 năm 2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT;

Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 3 Điều 18 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 và Nghị định số 121/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ;

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm 1.2, Điểm 3.3 Mục II Phần B; Điểm 1 Mục I Phần G Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế;

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm 1.b, Điểm 3.c Điều 10 và Điều 41 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ;

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm 3.3(b,c) Phần II Thông tư số 85/2007/TT-BTC ngày 18/7/2007, Điều 3 Thông tư số 80/2012/TT-BTC ngày 22/5/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế về đăng ký thuế;

Căn cứ hướng dẫn tại Điểm 7 Mục IV Phần B Thông tư số 61/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính về xử lý vi phạm pháp luật về thuế.

Căn cứ các quy định, hướng dẫn nêu trên:

- Trường hợp Tổng công ty cấp nước Sài gòn TNHH một thành viên (Tổng công ty) thành lập Ban quản lý dự án Giảm thất thoát nước thành phố Hồ Chí Minh (Ban quản lý dự án) trực thuộc Tổng công ty để thực hiện dự án phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh của Tổng công ty Ban quản lý dự án không có chức năng kinh doanh, cùng địa bàn tỉnh, thành phố với trụ sở chính của Tổng công ty, do đó việc khai thuế của các dự án đầu tư do Tổng công ty thực hiện theo đúng quy định tại Điểm 1.2 Mục II Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC. Tổng công ty không thực hiện kê khai các dự án đầu tư, Tổng công ty bị xử phạt về hành vi vi phạm về thủ tục thuế.

Ban quản lý dự án trực thuộc Tổng công ty cấp nước Sài gòn TNHH một thành viên, đóng cùng trụ sở cùng với Tổng công ty, không có chức năng kinh doanh, không phát sinh nghĩa vụ nộp thuế không thuộc đối tượng được cấp mã số thuế theo quy định. Ban quản lý dự án được cơ quan thuế cấp giấy chứng nhận đăng ký thuế, mã số thuế phụ thuộc, kê khai thuế riêng tại Cục thuế TP Hồ Chí Minh và lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT là không đúng với các quy định nêu trên. Đề nghị Cục thuế TP Hồ Chí Minh kiểm tra việc cấp đăng ký thuế, mã số thuế và kê khai thuế GTGT của Ban quản lý dự án để có biện pháp xử lý kịp thời theo đúng quy định.

- Đối với các trường hợp đã phát sinh thì đề nghị Cục thuế xác nhận cụ thể số thuế GTGT mà Ban quản lý dự án đã kê khai trên tờ khai 02/GTGT của các dự án đầu tư do Tổng công ty ủy quyền. Nếu Dự án thuộc trường hợp được hoàn thuế thì Tổng công ty phải thực hiện kê khai bù trừ số luỹ kế thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà Ban quản lý dự án đã kê khai nêu trên cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện của Tổng công ty đến kỳ đề nghị hoàn thuế trên tờ khai 01/GTGT. Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì Cục thuế xem xét hoàn thuế GTGT cho Tổng công ty theo quy định.

- Đối với các trường hợp phát sinh từ 01/7/2012, Tổng công ty thực hiện kê khai thuế GTGT theo đúng hướng dẫn tại Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC nêu trên.

Tổng cục Thuế thông báo để Tổng công ty cấp nước Sài gòn TNHH một thành viên biết, liên hệ với Cục thuế TP Hồ Chí Minh để được giải quyết./.