Trả lời văn bản ngày 08/08/2012 của Công ty trách nhiệm hữu hạn Thành An, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại khoản 3 , Điều 24 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ quy định:

"Kho bạc nhà nước trên địa bàn có trách nhiệm khấu trừ số thuế GTGT để nộp vào ngân sách nhà nước theo tỷ lệ quy định là 2% trên số tiền thanh toán khối lượng các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản trên địa bàn bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, các dự án ODA thuộc diện chịu thuế GTGT

…

Căn cứ vào hồ sơ chứng từ thanh toán được phê duyệt và chứng từ nộp tiền vào NSNN, Kho bạc nhà nước thực hiện thanh toán cho nhà thầu bằng tổng số thanh toán trừ đi số thuế GTGT phải nộp), đồng thời thực hiện hạch toán thu NSNN (đối với khoản khấu trừ thuế GTGT). Kho bạc nhà nước trả chủ đầu tư để trả cho nhà thầu một liên chứng từ nộp tiền vào NSNN. Số thuế GTGT do Kho bạc nhà nước khấu trừ theo chứng từ nộp tiền vào NSNN này được trừ vào số thuế GTGT phải nộp của người nộp thuế là đơn vị nhận thầu. Chủ đầu tu thực hiện theo dõi việc giao nhạn giấy nộp tiền với người cung cấp hàng hoá, dịch vụ. Trường hợp nêu chủ đầu tư thấy cần thiết phải lưu 1 liên chứng từ nộp lên để đối chiếu với nhà thầu, thì chủ đầu tư chụp để !ưu tại đơn vị.

Căn cứ các quy định nêu trên, Bộ Tài chính đã có công văn số 17848/BTC - TCT ngày 29/12/2011 của Bộ Tài chính gửi Kho bạc Nhà nước các tinh, thành phố trực thuộc trung ương; Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương về việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC, theo đó:

- Tại điểm 1 công văn đã hướng dẫn phạm vi thực hiện khấu trừ thuế:

"Kho bạc Nhà nước nơi chủ đâu tư mở tài khoản giao dịch thực hiện khấu trừ thuế GTGT đối với các khoản thanh toán khối lượng các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước; các khoản thanh toán từ nguồn ngân sách nhà nước cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án sử dụng vốn ODA (phần vốn đối ứng trong nước thanh toán tại Kho bạc Nhà nước cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án ODA)."

- Tại điểm 2.2 hướng dẫn về hạch toán thu ngân sách nhà nước: "Về nguyên tắc, công trình xây dựng cơ bản phát sinh tại địa phương nào, thì số thuế GTGT khấu trừ sẽ được Kho bạc Nhà nước hạch toán vào thu ngân sách của địa phương đó. Đối với các công trình liên tỉnh (hoặc liên huyện) nếu xác định được doanh thu công trình chi tiết theo từng tỉnh (hoặc từng huyện), thì số thuế GTGT khấu trừ sẽ được Kho bạc Nhà nước hạch toán vào thu ngân sách của từng tỉnh (hoặc từng huyện) tương ứng với số phát sinh doanh thu công trình.

Đối với các công trình liên tỉnh hoặc liên huyện mà không xác định được chính xác doanh thu công trình chi tiết theo từng địa bàn tỉnh (hoặc địa bàn huyện), thì chủ đầu tư xác định tỷ lệ doanh thu của công trình trên từng địa bàn gửi KBNN thực hiện khấu trừ thuế GTGT"

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên, thì trường hợp Công ty trách nhiệm hữu hạn Thành An có trụ sở chính tại Huyện Hiệp Hoà tỉnh Bắc Giang thực hiện đăng ký, kê khai, nộp thuế tại Chi cục thuế huyện Hiệp Hoà có hoạt động xây dựng: "Nâng cấp tuyến đường cụm công nghiệp huyện Bố Hạ - Huyện Yên thế- tỉnh Bắc Giang, Chủ đầu tư là Ban Quan lý dự án xây dựng huyện Yên Thế" thì Kho bạc nhà nước huyện Yên Thế có trách nhiệm thực hiện khấu trừ thuế GTGT đối với các khoản thanh toán khối lượng các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước và số thuế GTGT khấu trừ được Kho bạc Nhà nước hạch toán vào thu ngân sách của Huyện Yên Thế.

Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo tờ khai thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế tại trụ sở chính.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty trách nhiệm hữu hạn Thành An biết và thực hiện.