Ngày 08 tháng 4 năm 2010, Bộ Tài chính đã ban hành công văn số 4283/BTC-TCT về việc bù trừ thuế, hoàn thuế theo quyết toán thuế của tổ chức trả thu nhập (TCTTN); tiếp sau đó, ngày 21 tháng 5 năm 2010 Tổng cục Thuế đã ban hành công văn số 1700/TCT-TNCN về việc hướng dẫn bổ sung quyết toán thuế TNCN năm 2009.

Mặc dù Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế đã có những văn bản nêu trên nhằm tháo gỡ khó khăn cho các cơ quan thuế địa phương đồng thời giúp cho các TCTTN giảm thiểu thủ tục hành chính trong việc xử lý bù trừ và hoàn thuế đối với trường hợp có khấu trừ thuế TNCN trong năm 2009, nhưng đến nay viên chức thuế các phòng và các Chi Cục Thuế chưa thực sự quán triệt tinh thần các văn bản nêu trên. Hiện tại, vì ứng dụng QLT và QCT chưa có chức năng ghi nhận số thuế phải nộp sau quyết toán đối với các biểu mẫu đã ban hành kèm theo Thông tư số 20/2010/TT-BTC, nên cơ quan thuế không xác định chính xác số lượng TCTTN đã nộp hoặc chưa nộp báo cáo quyết toán thuế và nghĩa vụ thuế TNCN của các TCTTN (như số phải nộp thêm, số nộp thừa được hoàn), đồng thời chưa thực hiện tốt trách nhiệm của cơ quan thuế như ý kiến chỉ đạo của Bộ Tài chính tại điểm 2.1 của công văn số 4283/BTC-TCT.

Tình hình trên đây đã gây ra rất nhiều khó khăn, phức tạp trong việc chỉ đạo, điều hành quản lý thu thuế, việc thực hiện các quy trình quản lý của ngành bị ảnh hưởng, trì trệ (như công tác đôn đốc kê khai, quyết toán thuế, quản lý nợ, tính phạt nộp chậm, công tác hoàn thuế TNCN, kiểm tra thuế…). Nhiều ý kiến phản ảnh sự bức xúc của người nộp thuế trong Tuần lễ lắng nghe ý kiến người nộp thuế vừa qua và hàng loạt hồ sơ đề nghị hoàn thuế TNCN của các TCTTN mới được nộp cho cơ quan thuế có nguyên nhân từ việc hướng dẫn của cán bộ thuế cho các tổ chức và cá nhân nộp thuế không thống nhất.

Nhằm nhanh chóng khắc phục tình trạng trên, Cuc thuế yêu cầu các Chi cục thuế và các phòng có liên quan triển khai ngay những công việc như sau:

1. Tập trung xử lý dữ liệu về thuế nhằm xác định ngay và chính xác số thuế TNCN còn phải nộp hoặc số thuế nộp thừa sau quyết toán năm 2009 của từng TCTTN, cập nhật dữ liệu vào ứng dụng QLT và QCT; thực hiện bù trừ thu, chi NSNN theo đúng quy trình quản lý Kê khai, nộp thuế và kế toán thuế đối với những TCTTN đã nộp quyết toán TNCN.

Thời gian hoàn thành công việc nêu trên chậm nhất là ngày 30/6/2009. Phòng Kê khai - Kế toán thuế có trách nhiệm hướng dẫn cho các Chi cục thuế về công tác xử lý dữ liệu.

2. Rà soát và điều chỉnh ngay số thuế phạt chậm nộp chưa chính xác cho NNT nếu do cơ quan thuế chưa cập nhật đầy đủ dữ liệu thuế TNCN như nêu trên. Các trường hợp chưa xác định chính xác số nợ về thuế TNCN đề nghị không tiến hành phạt nộp chậm.

3. Về việc hoàn thuế TNCN cho các TCTTN đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công, chỉ thực hiện hoàn trả nếu TCTTN có điều kiện phù hợp với tiết a, b điểm 1.2 của công văn số 4283/BTC-TCT. Bộ phận KK-KTT phải xử lý kịp thời, chính xác dữ liệu quyết toán thuế TNCN vào ứng dụng QLT và QCT để phục vụ công tác hoàn thuế.

Việc xem xét giải quyết hoàn thuế TNCN nộp thừa cho các TCTTN quyết toán thuế năm 2009 được giao cho bộ phận KK-KTT thực hiện theo điểm 2 mục V của công văn số 1700/TCT-TNCN.

4. Cán bộ công chức thuế có liên quan đến công tác quản lý, kê khai thuế TNCN và tuyên truyền hỗ trợ đều có trách nhiệm hướng dẫn, giải thích cho các TCTTN hiểu rõ chủ trương của Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế nội dung xử lý bù trừ thuế, hoàn thuế theo quyết toán thuế TNCN.

Đề nghị các đơn vị, bộ phận có liên quan khẩn trương, nghiêm túc tổ chức thực hiện. Trong quá trình triển khai nếu có vướng mắc đề nghị liên hệ Phòng KK-KTT để hướng dẫn cụ thể.