Tại Thông tư số 120/2002/TT-BTC ngày 30 tháng 12 năm 2002 và Thông tư số 99/2003/TT-BTC ngày 23 tháng 10 năm 2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn sửa đổi, bổ sung Thông tư số 120/2002/TT-BTC ngày 30 tháng 12 năm 2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 07 tháng 11 năm 2002 của Chính phủ về việc in, phát hành, sử dụng, quản lý hoá đơn quy định các tổ chức, cá nhân kinh doanh khi mua hoá đơn ở cơ quan thuế phải có Giấy chứng nhận đăng ký thuế. Việc quy định nêu trên dẫn đến các đơn vị sự nghiệp, đơn vị thuộc lực lượng vũ trang có hoạt động sản xuất kinh doanh, có đăng ký kê khai nộp thuế được cấp Thông báo mã số thuế theo Điểm 6 Thông tư số 68/2003/TT-BTC ngày 17 tháng 7 năm 2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Quyết định số 75/1998/QĐ-TTg ngày 4 tháng 4 năm 1998 của Thủ tướng Chính phủ, quy định về mã số đối tượng nộp thuế thì không đảm bảo về thủ tục để được mua hoá đơn.

Trong thời gian sửa đổi, bổ sung Thông tư số 120/2002/TT-BTC ngày 30 tháng 12 năm 2002 và Thông tư số 99/2003/TT-BTC ngày 23 tháng 10 năm 2003, để đảm bảo cho hoạt động kinh doanh của các đơn vị nêu trên được thuận lợi và liên tục, Bộ Tài chính hướng dẫn như sau:

1. Các đơn vị sự nghiệp, đơn vị thuộc lực lượng vũ trang có hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế, đã thực hiện đăng ký kê khai nộp thuế, đã được cấp Thông báo mã số thuế khi mua hoá đơn lần đầu tại cơ quan thuế được dùng Thông báo mã số thuế (mẫu số 11 -MST ban hành kèm theo Thông tư số 68/2003/TT-BTC ngày 17 tháng 7 năm 2003 của Bộ Tài chính) thay cho Giấy chứng nhận đăng ký thuế để làm thủ tục mua hoá đơn theo quy định. Đối với các đơn vị đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc đã được cấp mã số thuế tạm thời (tại Thông tư số 79/1998/TT-BTC ngày 12 tháng 6 năm 1998 của Bộ Tài chính), hiện đang kinh doanh, nộp thuế thì vẫn được tiếp tục mua hoá đơn để sử dụng.

2. Các tổ chức cá nhân kinh doanh thực hiện được đầy đủ chế độ, kế toán; hoá đơn, chứng từ; xác định được số thuế GTGT đầu vào, đầu ra; đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu từ thì sử dụng hoá đơn GTGT; trường hợp không đảm bảo các Điều kiện nêu trên thuộc diện nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp thì sử dụng hoá đơn bán hàng