Kính gửi: Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh.

Tổng cục Hải quan nhận được công văn số 707/HQTPHCM-TXNK ngày 12/4/2022 của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh vướng mắc về việc thực hiện quy trình hoàn thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa. Về vấn đề này, Tổng cục Hải quan có ý kiến như sau:

1. Vướng mắc về cấu trúc mã số quản lý hải quan

Liên quan đến việc cấp mã số quản lý hải quan đối với quyết định hoàn thuế/không thu thuế, Tổng cục Hải quan đã có công văn số 2697/TCHQ-TXNK ngày 05/7/2022 hướng dẫn các Cục Hải quan tỉnh, thành phố thực hiện (đính kèm).

2. Vướng mắc về quy trình xử lý tiền thuế nộp thừa

Căn cứ điểm g khoản 1 Điều 26 chương IV Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ ngày 31/12/2021 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc kiểm tra hồ sơ quy định: “Trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa của năm trước nhưng ban hành quyết định hoàn thuế sau ngày 31/3 của năm kế tiếp, cơ quan hải quan cần thu thập thông tin từ cơ quan thuế địa phương để phục vụ việc hoàn thuế thì cơ quan hải quan có văn bản gửi cho cơ quan Thuế địa phương nơi quản lý doanh nghiệp đề nghị cung cấp thông tin, số liệu kê khai nộp thuế, báo cáo quyết toán thuế của người nộp thuế để phục vụ việc hoàn thuế”.

Căn cứ quy định nêu trên, cơ quan hải quan cần thu thập thông tin từ cơ quan thuế địa phương để phục vụ việc hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế GTGT nộp thừa của năm trước nhưng ban hành quyết định hoàn thuế sau ngày 31/3 của năm kế tiếp đối với các trường hợp sau:

- Người nộp thuế trong thời hạn 12 tháng tính đến ngày nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT nộp thừa có hành vi vi phạm pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế, pháp luật khác có liên quan đang bị cơ quan có thẩm quyền khởi tố vụ án hình sự;

- Người nộp thuế là công ty thành viên trong cùng một tập đoàn nhưng tập đoàn đang bị khởi tố vụ án hình sự hoặc đơn vị thành viên khác trong cùng một tập đoàn đang bị khởi tố vụ án hình sự;

- Người nộp thuế có số tiền thuế GTGT đề nghị hoàn từ 500 triệu đồng trở lên;

- Người nộp thuế không giải trình được những mâu thuẫn trong hồ sơ đề nghị hoàn tiền thuế GTGT nộp thừa;

- Các trường hợp khác mà cơ quan hải quan có nghi ngờ trong quá trình xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT nộp thừa của người nộp thuế.

Cơ quan hải quan phải theo dõi, đôn đốc phối hợp với cơ quan thuế. Ngay sau khi nhận được ý kiến của cơ quan thuế, căn cứ văn bản quy phạm pháp luật, hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT nộp thừa của người nộp thuế, cơ quan hải quan có văn bản phản hồi cho người nộp thuế.

Đối với các trường hợp hoàn tiền thuế GTGT nộp thừa của năm trước nhưng cơ quan hải quan có đủ cơ sở xác định doanh nghiệp chưa kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan thuế thì không cần thu thập thêm thông tin từ cơ quan thuế địa phương.

Tổng cục Hải quan thông báo để Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh biết, thực hiện./.