Ngày 20/4/2009 Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 79/2009/TT-BTC hướng dẫn về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Trong khi chờ Tổng cục Hải quan ban hành các qui trình thủ tục hải quan mới, Tổng cục Hải quan tạm thời hướng dẫn thực hiện như sau:

1. Đối với các nội dung trong quy trình thủ tục hải quan hiện hành không trái với Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009 thì tiếp tục thực hiện theo các quy trình này cho đến khi Tổng cục Hải quan ban hành quy trình mới thay thế.

2. Đối với việc giám sát hàng hóa nhập khẩu chuyển cửa khẩu hướng dẫn tại Khoản 6, Điều 57 Thông tư số 79/2009/TT-BTC khi tiếp nhận, đăng ký hồ sơ hải quan, công chức hải quan vẫn thực hiện các bước thủ tục bình thường (kể cả việc in lệnh hình thức mức độ kiểm tra). Riêng việc ký xác nhận đã làm thủ tục hải quan và đóng dấu “đã làm thủ tục hải quan” được thực hiện sau khi chủ hàng đưa hàng về địa điểm đăng ký trên đơn xin chuyển cửa khẩu.

Đối với lô hàng thuộc diện miễn kiểm tra thực tế hàng hóa, sau khi chủ hàng đưa hàng hóa về địa điểm đăng ký trong đơn xin chuyển cửa khẩu, Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai ký xác nhận đã làm thủ tục hải quan và đóng dấu “đã làm thủ tục hải quan” lên tờ khai hải quan, đồng thời giao chủ hàng tự mở niêm phong hải quan của Chi cục Hải quan cửa khẩu (nếu không có nghi ngờ về việc không đưa hàng về đúng địa điểm đã đăng ký). Trong trường hợp có nghi ngờ chủ hàng không đưa hàng về đúng địa điểm đã đăng ký trong đơn xin chuyển cửa khẩu thì Lãnh đạo Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai cử công chức Hải quan đến địa điểm đăng ký trong đơn xin chuyển cửa khẩu để giám sát việc mở niêm phong của chủ hàng, sau đó mới ký xác nhận đã làm thủ tục hải quan và đóng dấu “đã làm thủ tục hải quan” lên tờ khai. Nếu phát hiện có vi phạm thì lập biên bản để xử lý theo qui định.

3. Liên quan địa điểm làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất quy định tại khoản 2, Điều 45 nếu hàng hóa thuộc diện được phép chuyển cửa khẩu thì thực hiện thủ tục chuyển cửa khẩu theo quy định. Trường hợp hàng hóa không thuộc diện được chuyển cửa khẩu thì Chi cục Hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất đăng ký tờ khai hải quan, còn việc kiểm tra thực tế hàng hóa do Chi cục Hải quan cửa khẩu hoặc Chi cục Hải quan quản lý ICD (nếu hàng có vận tải đơn ghi cảng đích là ICD) thực hiện theo đề nghị của Chi cục Hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất.

4. Các biểu mẫu do Tổng cục Hải quan ban hành kèm Quyết định số 1127/QĐ-TCHQ ngày 03/6/2009 để thực hiện Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009 của Bộ Tài chính, các đơn vị tự in trên mạng Net.offce.

Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc thì kịp thời báo cáo để Tổng cục có chỉ đạo giải quyết.