Kính gửi: Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

Trong quá trình thực hiện điểm 3 công văn số 18832/BTC-TCT ngày 17/12/2015 của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế nhận được một số vướng mắc của Cục Thuế, doanh nghiệp về việc hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN của doanh nghiệp chủ quản và chi nhánh. Về việc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Để giải quyết các vướng mắc liên quan đến công văn số 18832 nêu trên, Tổng cục Thuế đã có công văn số 92/TCT-KK ngày 08/01/2016 hướng dẫn về việc đăng ký user để tra cứu nợ trên toàn quốc phục vụ công tác hoàn thuế GTGT theo công văn số 10492/BTC-TCT và công văn số 18832/BTC-TCT; công văn số 1328/TCT-CNTT ngày 31/3/2016 về việc nâng cấp ứng dụng Quản lý thuế tập trung phiên bản 1.21 hỗ trợ tra cứu dữ liệu xét hoàn thuế.

2. Ngày 29/6/2016, Bộ Tài chính cũng đã ban hành Thông tư số 99/2016/TT-BTC hướng dẫn quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng, tại Điều 14 của Thông tư về “Xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ được bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn” đã có hướng dẫn:

“1. Cơ quan thuế có trách nhiệm xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước (sau đây gọi là tiền thuế nợ) để thực hiện bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế.

2. Tiền thuế nợ của người nộp thuế phải bù trừ (không bao gồm tiền thuế nợ đang thực hiện thủ tục để xóa nợ, tiền thuế nợ được nộp dần theo quy định tại Điều 32, 39 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế), bao gồm:

a) Tiền thuế nợ do ngành Thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế;

b) Tiền thuế nợ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hải quan) do cơ quan hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế;

c) Tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước theo văn bản đề nghị của các cơ quan, tổ chức có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.

3. Sau khi đã bù trừ theo quy định tại khoản 2 Điều này, trường hợp người nộp thuế là doanh nghiệp trụ sở chính vẫn có số thuế còn được hoàn trả nhưng có Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày do cơ quan thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế thì cơ quan thuế phải tiếp tục thực hiện bù trừ. Trường hợp nhiều Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ thì thứ tự bù trừ ưu tiên cho khoản nợ có hạn nộp xa nhất của Chi nhánh.

Trường hợp Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số thuế còn được hoàn thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày của doanh nghiệp trụ sở chính.

4. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế phải chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế; cơ quan, tổ chức có đề nghị số tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước được bù trừ phải chịu trách nhiệm về số liệu đã cung cấp cho cơ quan thuế.

5. Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị cơ quan thuế trích số tiền thuế được hoàn nộp thay tiền thuế nợ ngân sách ngân sách nhà nước cho người nộp thuế khác, cơ quan thuế xác định số tiền thuế được hoàn bù trừ với số tiền thuế nợ của người nộp thuế khác (sau khi bù trừ số tiền thuế nợ của người nộp thuế quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này).

6. Sau khi nhận được Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều này, người nộp thuế có vướng mắc về số tiền thuế nợ đã bù trừ với số tiền thuế được hoàn thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế, cơ quan hải quan, cơ quan, tổ chức đề nghị bù trừ nợ có trách nhiệm giải quyết vướng mắc cho người nộp thuế.

Trường hợp số tiền thuế nợ đã bù trừ cao hơn số tiền thuế nợ thực tế thì được xác định là khoản nộp thừa. Cơ quan thuế, cơ quan hải quan xử lý theo quy định tại khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 hoặc cơ quan, tổ chức đề nghị số tiền thuế nợ bù trừ xử lý theo quy định của pháp luật có liên quan.”

Trong khi chờ Thông tư có hiệu lực thi hành (kể từ ngày 13/8/2016), Tổng cục Thuế đề nghị Cục Thuế hướng dẫn doanh nghiệp không phải lập Bảng kê số thuế còn phải nộp, còn nợ của doanh nghiệp trụ sở chính và các chi nhánh theo quy định tại điểm 3 công văn số 18832/BTC-TCT nêu trên. Cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế sử dụng user tra cứu nợ trên toàn quốc đã hướng dẫn tại công văn số 92/TCT-KK và công văn số 1328/TCT-CNTT nêu trên để xác định số tiền thuế nợ phải bù trừ khi giải quyết hoàn thuế GTGT cho người nộp thuế.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế biết và thực hiện.