Trả lời công văn số 011/05-KT ngày 18/8/2005 của Công ty Louis Berger về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) của Hợp đồng tư vấn dự án đầu tư xây dựng quốc lộ I, Hà Nội - Lạng Sơn (vốn ODA vay Ngân hàng phát triển Châu Á – ADB) và dự án đầu tư xây dựng quốc lộ I, Hà Nội - Cầu Giẽ (vốn ODA vay của Ngân hàng Thế giới – WB), theo chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế hướng dẫn xử lý cụ thể như sau:

1. Xác định đối tượng được hoàn thuế GTGT

Căn cứ Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện chính sách thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và công văn số 7711 TC/TCT ngày 13/7/2004 của Bộ Tài chính về  việc tăng cường quản lý thuế và quản lý tài chính đối với dự án sử dụng vốn ODA vay ưu đãi do NSNN đầu tư không hoàn trả;

Căn cứ công văn số 868 TC/TCĐN ngày 13/7/2000 của Bộ Tài chính về việc xác nhận các dự án sử dụng nguồn vốn ODA vay ưu đãi theo cơ chế Ngân sách Nhà nước đầu tư không hoàn trả;

Căn cứ công văn số 698/BGTVT-KHĐT ngày 9/2/2006 của Bộ Giao thông vận tải về việc xác nhận không bố trí vốn kế hoạch hàng năm để thanh toán thuế GTGT cho tư vấn giám sát dự án ADB2 vốn vay ADB và dự án WB1 đoạn Hà Nội - Cầu Giẽ vốn vay WB;

Trường hợp các hợp đồng tư vấn giám sát ngày 24/10/1997 ký giữa liên danh tư vấn Louis Berger & Finnroad Ltd., với chủ dự án để thực hiện dự án đầu tư xây dựng quốc lộ I, Hà Nội - Lạng Sơn và hợp đồng tư vấn giám sát ngày 8/7/1998 ký giữa liên danh tư vấn Louis Berger & Deleuw Cather với chủ dự án để thực hiện dự án đầu tư xây dựng quốc lộ I, Hà Nội - Cầu Giẽ, là các dự án sử dụng nguồn vốn ODA vay ưu đãi theo cơ chế Ngân sách Nhà nước đầu tư không hoàn trả. Giá trị các hợp đồng này đã bao gồm cả thuế doanh thu (nay là thuế GTGT) thì chủ dự án phải thanh toán cho nhà thầu chính theo giá đã bao gồm cả thuế GTGT và được làm thủ tục hoàn lại số thuế GTGT đã thanh toán cho nhà thầu chính.

Xét trường hợp trong quá trình thực hiện các dự án nêu trên, Bộ Giao thông vận tải đã không bố trí vốn đối ứng trong kế hoạch vốn đầu tư XDCB hàng năm cho chủ dự án là Ban Quản lý dự án 1 (PMU1) để thanh toán thuế GTGT cho nhà thầu chính tư vấn giám sát (xác nhận tại công văn số 698/BGTVT-KHĐT ngày 9/2/2006 của Bộ Giao thông vận tải), vì vậy, nhà thầu chính thuộc đối tượng được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào để thực hiện dự án theo hợp đồng đã ký với chủ dự án; nhà thầu chính phải đáp ứng được đầy đủ các thủ tục, hồ sơ hoàn thuế theo quy định (trừ Điều kiện hợp đồng đã ký không bao gồm thuế doanh thu/GTGT). Trường hợp dự án được cấp vốn đối ứng để trả thuế GTGT thì sẽ giảm trừ số được hoàn hoặc hoàn trả lại NSNN.

2. Về việc giải quyết hoàn thuế GTGT

Xét trường hợp Công ty Louis Berger là nhà thầu chính thực hiện dự án ODA, trong thời gian đầu thực hiện dự án do một số nguyên nhân khách quan, chưa đăng ký với cơ quan thuế để được cấp mã số thuế, Tổng cục Thuế đồng ý cho phép Công ty được hoàn thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho dự án ODA chưa có mã số thuế của Công ty nhưng có ghi cụ thể tên người mua là Công ty Louis Berger và đầy đủ nội dung khác của hóa đơn, đồng thời bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ đã kê khai nộp thuế GTGT đối với các hóa đơn nêu trên.

Cục thuế TP. Hà Nội có trách nhiệm yêu cầu doanh nghiệp xuất trình các chứng từ thanh toán của chủ dự án cho nhà thầu theo giá không bao gồm thuế GTGT, kiểm tra việc kê khai nộp thuế của các đơn vị bán hàng cho nhà thầu, tính hợp pháp của các hóa đơn GTGT đầu vào phát sinh trong thời gian nêu trên theo đúng quy định tại các văn bản hướng dẫn hiện hành và thực hiện hoàn thuế GTGT cho nhà thầu.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty Louis Berger, Cục thuế TP. Hà Nội được biết và thực hiện./.