Trả lời văn thư số 001/CCTBRVT-2012 ngày 01/02/2012 của Công ty về khấu trừ thuế (GTGT) đầu vào, Cục Thuế TP có ý kiến như sau:

Tại tiết b điểm 1.3 mục III phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng (GTGT) (hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2009 đến ngày 29/02/2012) quy định điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

“Hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa bán ra; bù trừ công nợ; thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng mà các phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng; Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hoá đơn thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.”

Tại điểm d.3 khoản 2 Điều 15 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT (hiệu lực thi hành từ ngày 01/3/2012) quy định về các trường hợp được coi là thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

“Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào được thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng (bao gồm cả trường hợp bên bán yêu cầu bên mua thanh toán tiền qua ngân hàng cho bên thứ ba do bên bán chỉ định) thì việc thanh toán theo uỷ quyền hoặc thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của bên bán phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.

Trường hợp sau khi thực hiện các hình thức thanh toán nêu trên mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Khi kê khai hoá đơn thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh ghi rõ phương thức thanh toán được quy định cụ thể trong hợp đồng vào phần ghi chú trên bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.”

Trường hợp của Công ty theo trình bày ký hợp đồng với nhà thầu phụ – Chi nhánh Công ty Cổ phần Tứ Hải tại Hà Nội (gọi là Chi nhánh) – thực hiện dự án xây dựng nhà máy xử lý nước tại khu công nghiệp Thăng Long (Hà Nội), Chi nhánh sau đó ký hợp đồng với một số nhà thầu phụ khác để thực hiện công trình thì khi Chi nhánh thanh toán cho các nhà thầu phụ phải thực hiện thanh toán qua ngân hàng theo quy định. Trường hợp trong hợp đồng Chi nhánh ký với các nhà thầu phụ có điều khoản: “Chi nhánh ủy quyền cho bên thứ ba là Công ty thanh toán cho các nhà thầu phụ ký hợp đồng với Chi nhánh” thì trước ngày 01/03/2012 căn cứ quy định tại Thông tư số 129/2008/TT-BTC, việc thanh toán ủy quyền này không đủ điều kiện xác định là thanh toán qua ngân hàng; kể từ ngày 01/3/2012 căn cứ quy định tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC nêu trên, việc thanh toán theo hình thức này đủ điều kiện xác định là thanh toán qua ngân hàng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Cục Thuế thông báo TNHH Organo (Việt Nam) biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.