Trả lời đơn thư của Công ty TNHH Đầu tư và Xây dựng Sông Lam về chính sách thuế đối với nhà thầu nước ngoài, Tổng cục Thuế hướng dẫn về nguyên tắc như sau:

Căn cứ hướng dẫn tại Mục I Phần A Thông tư số 05/2005/TT-BTC ngày 11/1/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thuế áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam quy định về đối tượng áp dụng.

Tại Mục V Phần E Thông tư số 05/2005/TT-BTC ngày 11/1/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thuế áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam quy định:

“Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày kể từ ngày đăng Công báo và thay thế cho Thông tư số 169/1998/TT-BTC ngày 22/12/1998, Thông tư số 95/1999/TT-BTC ngày 06/8/1999 của Bộ Tài chính, hướng dẫn chế độ thuế áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân nước ngoài hoạt động kinh doanh tại Việt Nam không thuộc các hình thức đầu tư theo Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam.

…

Trường hợp nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam có tham gia ký kết một Hiệp định hoặc Điều ước quốc tế mà tại Hiệp định hoặc Điều ước quốc tế đó có các quy định về việc nộp thuế của Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài khác với các nội dung hướng dẫn tại Thông tư này thì thực hiện theo các quy định của Điều ước quốc tế đó. Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài có văn bản gửi cơ quan thuế nơi đăng ký thuế đề nghị được thực hiện nghĩa vụ thuế theo thỏa thuận tại Hiệp định hoặc Điều ước quốc tế đã ký nói trên.”

Căn cứ các quy định trên, trường hợp Hợp đồng giữa Công ty TNHH Đầu tư và Xây dựng Sông Lam và nhà thầu nước ngoài được ký kết vào ngày 12/9/2006, thời Điểm Thông tư số 05/2005/TT-BTC ngày 11/1/2005 nêu trên có hiệu lực thi hành, vì vậy thuộc diện Điều chỉnh của Thông tư số 05/2005/TT-BTC.

Theo nội dung công văn số 747/CT-TTT ngày 5/8/2010 của Cục Thuế tỉnh Sơn La thì do nhà thầu Tata International Limited không thực hiện chế độ kế toán Việt Nam vì vậy Công ty TNHH Đầu tư và Xây dựng Sông Lam có trách nhiệm khai, khấu trừ và nộp thay số thuế GTGT, thuế TNDN trước khi thanh toán cho nhà thầu nước ngoài theo quy định tại Thông tư số 05/2005/TT-BTC.

Qua kiểm tra, đối chiếu cho thấy Thỏa thuận vay vốn 27 triệu đô la ký giữa Chính phủ Việt Nam và Ngân hàng Xuất nhập khẩu Ấn Độ mà Công ty gửi qua hòm thư điện tử đường dây nóng (không có con dấu, chữ ký) là bản dự thảo ban đầu, không phải là văn bản ký kết. Nội dung Thỏa thuận vay vốn được ký có nhiều thay đổi sau quá trình đàm phán.

Ngoài ra, quy định về chính sách thuế trong Thỏa thuận vay vốn được ký chỉ đề cập đến vấn đề thuế trên Khoản thu của Ngân hàng Xuất nhập khẩu Ấn Độ có được từ việc cho vay mà không đề cập đến các loại thuế áp dụng cho hợp đồng thực hiện dự án sử dụng vốn vay hoặc nhà thầu thực hiện dự án.

Tổng cục Thuế thông báo để Công ty TNHH Đầu tư và Xây dựng Sông Lam được biết và đề nghị Công ty cung cấp đầy đủ tài liệu, hồ sơ liên quan đến dự án và liên hệ với Cục Thuế tỉnh Sơn La để được hướng dẫn, xác định nghĩa vụ thuế của nhà thầu nước ngoài theo đúng quy định của pháp luật về thuế.