Kính gửi: Cục Thuế thành phố Đà Nẵng.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1597/CT-THNVDT ngày 22/04/2014 của Cục Thuế thành phố Đà Nẵng báo cáo vướng mắc về chính sách thuế qua triển khai thực hiện Thông tư số 219/2013/TT-BTC về thuế GTGT. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Doanh nghiệp mới thành lập đăng ký phương pháp tính thuế.

Về nội dung áp dụng phương pháp tính thuế GTGT của Chi nhánh mới thành lập trong năm 2014 hạch toán phụ thuộc Công ty - Công ty nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, Tổng cục Thuế đang tổng hợp, báo cáo Bộ hướng dẫn chung trong thời gian tới.

2. Về tài khoản của bên mua và tài khoản của bên bán phát là tài khoản đã đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế.

Tại khoản 3 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC quy định chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán (tài khoản của bên mua và tài khoản của bên bán phải là tài khoản đã đăng ký hoặc thông báo với cơ quan thuế) mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành".

Hiện tại trên ứng dụng đăng ký thuế tập trung (PIT) đã hỗ trợ nhập và tra cứu thông tin tài khoản của người nộp thuế (NNT). Vì vậy để đối chiếu số tài khoản của NNT thì cơ quan thuế có thể tra cứu thông tin trên ứng dụng PIT.

3. Tại điểm a khoản 3 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế đối với:

"a) Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ".

Căn cứ hướng dẫn trên và theo trình bày của Cục thuế, trường hợp các doanh nghiệp đang hoạt động năm 2013 (có doanh thu <1 tỷ) nhưng đến 15/3/2014 Doanh nghiệp chưa nộp mẫu Thông báo 06/GTGT cho cơ quan thuế thì doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh kê khai thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp từ tháng 1/2014.

4. Tại khoản 4 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế đối với:

"4. Các trường hợp khác:

a) Trương hợp cơ sở kinh doanh có hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng hoạt động này để nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng hướng dẫn tại Điều 13 Thông tư này".

Căn cứ quy định trên, Tổng cục Thuế nhất trí với đề xuất xử lý của Cục Thuế nêu tại công văn số I597/CT-THNVDT ngày 22/04/2014 như sau:

Trường hợp doanh nghiệp không thực hiện đúng quy định về mở sổ sách kế toán và chứng từ mua bán thì cơ quan Thuế thực hiện điều tra doanh thu, xác định giá trị gia tăng trên doanh thu để ấn định thuế. Khi doanh nghiệp thực hiện đảm bảo sổ sách kế toán và chứng từ mua bán thì cơ quan Thuế xem xét việc kê khai, nộp thuế theo kê khai.

5. Về hoàn thuế đối với doanh nghiệp vừa có hoạt động bán hàng trong nước vừa có xuất khẩu:

Theo quy định tại Khoản 4, Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn: "Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT cho hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên".

Đề nghị Cục Thuế thành phố Đà Nẵng kiểm tra, rà soát đối với từng trường hợp cụ thể của doanh nghiệp để giải quyết, nếu còn vướng mắc thì Cục thuế báo cáo cụ thể, gửi kèm hồ sơ và nêu đề xuất để Tổng cục Thuế nghiên cứu, hướng dẫn.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế thành phố Đà Nẵng được biết./.