Ngày 28/6/2006, Tổng cục Thuế đã có công văn số 2290/TCT-PCCS về việc ưu đãi thuế TNDN. Qua công tác kiểm tra văn bản, Tổng cục Thuế phát hiện nội dung hướng dẫn tại Công văn số 2290/TCT-PCCS nêu trên chưa phù hợp với quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật, nay Tổng cục Thuế hướng dẫn lại như sau:

Tại Điểm 3, Mục II, Phần E, Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành quy định tại Điều 38 Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp hướng dẫn như sau: “Cơ sở kinh doanh đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất được miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cho phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mang lại như sau ….”.

Tại Điểm 5.1.4, Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 01/9/2004 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung đoạn cuối Điểm 1, Mục II, Phần B, Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 Bộ Tài chính như sau: “Đối với cơ sở kinh doanh đang hoạt động mà có dự án đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất thì mức thuế suất áp dụng đối với phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mang lại như sau: …”

Căn cứ quy định và hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty liên doanh vận tải ngôi sao Sài Gòn được thành lập theo Giấy phép đầu tư số 746/GP ngày 14/12/1993 do Bộ Kế hoạch và Đầu tư cấp cho Công ty nhưng đến năm 2004, Công ty mới bổ sung ngành nghề kinh doanh là vận tải hành khánh bằng xe buýt công cộng, xe tắc xi và khách liên tỉnh (theo Giấy phép đầu tư số 746/GPĐC5 ngày 13/1/2004) thì Công ty chỉ được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần thu nhập tăng thêm từ hoạt động đầu tư này mang lại. Do đó, nội dung tại Công văn số 2290/TCT-PCCS ngày 28/6/2006 hướng dẫn. Công ty được hưởng mức ưu đãi theo diện cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đối với hoạt động này là chưa phù hợp theo quy định và hướng dẫn nêu trên.

Công văn này bãi bỏ Công văn số 2290/TCT-PCCS ngày 28/6/2006 của Tổng cục Thuế.

Tổng cục Thuế thông báo để Công ty liên doanh vận tải ngôi sao Sài Gòn và Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh biết và xác định nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp của Công ty theo đúng quy định của pháp luật và hướng dẫn tại Công văn này.