Trả lời công văn số 322/ĐS-TCKT ngày 06/02/2015 và công văn giải trình số 727/ĐS-TCKT ngày 01/04/2015 của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam, công văn số 545/CT-KTr1 ngày 02/04/2015 của Cục Thuế tỉnh Nghệ An về việc kê khai, nộp thuế GTGT và TNDN; sau khi báo cáo và được sự đồng ý của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Khoản 1, Khoản 6 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn khai thuế GTGT.

- Khoản 3, Khoản 4 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

- Điều 13 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn xác định số thuế TNDN phải nộp.

- Khoản 6 Điều 3 Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Khoản 3, Khoản 4 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính.

- Điều 16 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi Điều 12 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn khai thuế thu nhập doanh nghiệp.

- Công văn số 7986/BGTVT-TC ngày 03/07/2014 của Bộ Giao thông vận tải về việc chấn chỉnh công tác quản lý tài chính kế toán của Tổng công ty Đường sắt Việt Nam, theo đó: “Các đơn vị hạch toán phụ thuộc của Công ty mẹ không tổ chức thực hiện hạch toán riêng (...) đối với các hoạt động dịch vụ ngoài hoạt động kinh doanh vận tải. Toàn bộ hoạt động kinh doanh vận tải và ngoài vận tải tổ chức hạch toán tập trung tại Tổng công ty.”

Căn cứ các quy định nêu trên thì:

1. Về kê khai, nộp thuế GTGT.

Trường hợp Tổng công ty Đường sắt Việt Nam có trụ sở chính tại Hà Nội, thành lập các Chi nhánh trực thuộc khác tỉnh, thành phố với trụ sở chính do Tổng công ty nắm giữ 100% vốn điều lệ và toàn bộ tài sản. Các Chi nhánh hạch toán phụ thuộc, hoạt động theo sự chỉ đạo của Tổng công ty, không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính và nộp thuế GTGT theo tỷ lệ % trên doanh thu chưa có thuế GTGT với cơ quan thuế quản lý trực tiếp của Chi nhánh.

2. Về kê khai, nộp thuế TNDN:

Trường hợp Tổng công ty Đường sắt Việt Nam có các đơn vị trực thuộc hạch toán phụ thuộc thì Tổng công ty có trách nhiệm kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tập trung tại trụ sở chính cả phần phát sinh tại đơn vị trực thuộc; nếu các đơn vị trực thuộc có hoạt động sản xuất tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác địa bàn nơi Tổng công ty đăng ký trụ sở chính thì số thuế được tính nộp ở nơi có trụ sở chính và nơi có cơ sở sản xuất.

Trường hợp các đơn vị trực thuộc có hoạt động kinh doanh khác với hoạt động kinh doanh chung của Tổng công ty và hạch toán riêng được thu nhập từ hoạt động kinh doanh khác đó thì đơn vị trực thuộc kê khai, nộp thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc.

3. Về chứng từ thanh toán qua ngân hàng

Trường hợp Tổng công ty Đường sắt Việt Nam ủy quyền cho các Chi nhánh thay mặt Tổng công ty ký hợp đồng đối với hoạt động kinh doanh ngoài vận tải, trên hợp đồng ghi đơn vị bán hàng là Tổng công ty, đơn vị được ủy quyền là tên Chi nhánh. Hóa đơn GTGT xuất mang tên Tổng công ty, khách hàng chuyển tiền về tài khoản của Chi nhánh, định kỳ Chi nhánh tổng hợp số tiền trên hóa đơn để chuyển tiền về Tổng công ty thì việc thanh toán theo ủy quyền của Tổng công ty phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và được coi là một hình thức thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Tổng cục Thuế trả lời để Tổng công ty Đường sắt Việt Nam được biết.