Kính gửi: Cục thuế thành phố Hà Nội.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 11841/CT-KT3 ngày 17/7/2009, số 14141/CT-KT3 ngày 19/8/2009, số 2443/CT-KT3 ngày 5/2/2010 của Cục thuế thành phố Hà Nội về việc hoàn thuế GTGT của Công ty TNHH điều hành vườn ươm doanh nghiệp Hà Nội (Công ty HBI). Trên cơ sở những thông tin về mô hình hoạt động của Dự án "Vườn ươm doanh nghiệp chế biến và đóng gói thực phẩm Hà Nội" do Bộ Kế hoạch và Đầu tư (công văn số 17/PTDN ngày 14/1/2010) và Uỷ ban nhân dân thành phố Hà Nội (công văn số 1782/UBND-KH&ĐT ngày 19/3/2010) cung cấp, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Mục VI Thông tư số 123/2007/TT-BTC ngày 23/10/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện chính sách thuế, ưu đãi thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức ODA hướng dẫn: "Thông tư này có hiệu lực sau 15 ngày kể từ ngày đăng công báo, thay thế Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn Thông tư chính sách thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và các quy định trái với hướng dẫn tại Thông tư này.

Đối với các dự án ODA được cấp có thẩm quyền phê duyệt trước ngày Thông tư này có hiệu lực thì việc xác định nghĩa vụ thuế, ưu đãi thuế thực hiện như hướng dẫn tại Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện chính sách thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) cho đến khi kết thúc dự án".

Tại điểm 1.2, Mục III Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn: "Chủ dự án ODA không hoàn lại được hoàn lại số thuế giá trị gia tăng đã trả khi trực tiếp mua hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT tại Việt Nam để thực hiện dự án ODA không hoàn lại như hướng dẫn tại điểm 3, Mục IV, Thông tư này"

Căn cứ các hướng dẫn trên thì:

- Trường hợp Dự án "Vườn ươm doanh nghiệp chế biến và đóng gói thực phẩm Hà Nội" thuộc Hợp phần 2 "Chương trình hỗ trợ khu vực tư nhân Việt Nam" được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 1432/CP-HTQT ngày 30/9/2004 là Chương trình sử dụng nguồn vốn ODA không hoàn lại của Uỷ ban Cộng đồng Châu Âu theo Hiệp định tài trợ số ASIE/2003/005-885 ký ngày 7/10/2004 giữa Chính phủ Việt Nam và Uỷ ban Châu Âu về "Chương trình hỗ trợ khu vực tư nhân Việt Nam" thì việc xác định nghĩa vụ thuế, ưu đãi thuế đối với Dự án được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính.

- Trường hợp Công ty HBI sử dụng nguồn vốn ODA không hoàn lại của Uỷ ban Cộng đồng Châu Âu (EC) để trực tiếp mua hàng hoá, dịch vụ phục vụ Dự án "Vườn ươm doanh nghiệp chế biến và đóng gói thực phẩm Hà Nội" thì Công ty HBI được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào đã trả nếu Công ty HBI hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào mua hàng hoá, dịch vụ để phục vụ Dự án được sử dụng từ nguồn vốn ODA không hoàn lại của E.C.

- Đối với doanh thu từ hoạt động cho thuê nhà xưởng, các dây chuyền thiết bị theo giá hỗ trợ doanh nghiệp do khách hàng trả cho Công ty HBI thuộc diện chịu thuế GTGT thì Công ty xuất hoá đơn GTGT cho khách hàng và kê khai nộp thuế GTGT theo quy định tại Luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục thuế thành phố Hà Nội được biết./.