Trả lời công văn số 09/KT-KH ngày 11/03/2002 của Công ty xin hướng dẫn về việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Trường hợp Công ty nhận xây dựng công trình thuộc đối tượng chịu thuế GTGT thì Công ty phải kê khai, nộp thuế GTGT đối với công trình xây dựng. Công ty được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng vào việc xây dựng công trình chịu thuế GTGT. Khi viết hóa đơn GTGT giao cho chủ đầu tư, Công ty phải ghi rõ giá chưa có thuế, thuế suất, số thuế GTGT, giá thanh toán đã có thuế.

- Trường hợp Công ty nhận xây dựng công trình thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT (nhà thờ tôn giáo theo công văn số 5112 TCT/NV6 ngày 18/12/2001 của Tổng cục Thuế) thì Công ty vẫn phải kê khai doanh số với cơ quan thuế nhưng không phải nộp thuế GTGT cho công trình xây dựng. Khi xuất hóa đơn GTGT giao cho bên chủ đầu tư, trên hóa đơn GTGT chỉ ghi dòng giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất, có thuế GTGT không ghi và gạch bỏ.

Công ty không được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ... liên quan đến việc xây dựng công trình thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nhưng được hạch toán vào chi phí hợp lý để xác định thu nhập chịu thuế TNDN.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty được biết và đề nghị Công ty liên hệ với Cục thuế tỉnh Đồng Nai để được hướng dẫn thực hiện cụ thể./.