Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1429/CT-KTT1 ngày 31/10/2011, công văn số 207/CT-KTT1 ngày 29/02/2012 của Cục Thuế tỉnh Bình Phước, công văn số 31/CCT-HT ngày 02/3/2012 của Chi cục Thuế huyện Hàm Tân (Cục Thuế tỉnh Bình Thuận) và công văn số 01/ĐNGĐ-CST ngày 29/7/2011 của Công ty TNHH Nam Xuân, địa chỉ: thôn Đông Hòa, huyện hàm Tân, tỉnh Bình Thuận về thuế GTGT đối với đầu tư xây dựng chuồng trại để cho thuê. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 1.2 (c3) mục III phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính về thuế giá trị gia tăng hướng dẫn như sau:

“c.3. Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT thì được khấu trừ toàn bộ.”

Tại điểm 5.1 mục I Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính quy định chi tiết một số Điều của Luật quản lý thuế hướng dẫn như sau:

“5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế;

5.1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.”

Căn cứ hướng dẫn trên, trường hợp doanh nghiệp đầu tư trang trại nuôi heo nhưng không nuôi mà cho doanh nghiệp khác thuê, hoạt động cho thuê trang trại thuộc đối tượng chịu thuế GTGT thì thuế GTGT đầu vào của chi phí đầu tư, xây dựng trang trại được khấu trừ, hoàn thuế nếu đủ điều kiện theo quy định. Đối với thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế nhưng sau đó xác định không đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế thì doanh nghiệp phải kê khai, điều chỉnh nộp lại tiền thuế GTGT đã khấu trừ, hoàn thuế. Doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã báo cáo, cam kết giải trình với cơ quan thuế liên quan đến việc khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào của hoạt động đầu tư, xây dựng trang trại cho thuê.

Trường hợp Công ty cổ phần chăn nuôi Bình Phước ngành nghề kinh doanh ghi trong Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh không có hoạt động cho thuê trang trại, tuy nhiên, trong danh mục Hệ thống ngành kinh tế của Việt Nam ban hành kèm theo Quyết định số 10/2007/QĐ-TTg ngày 23/01/2007 của Thủ tướng Chính phủ thì không có ngành này, do đó, Công ty đã kê khai, nộp thuế GTGT đầu ra đối với hoạt động kinh doanh cho thuê trang trại thì được xem xét khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hoạt động cho thuê trang trại.

 Đối với trường hợp Công ty Cổ phần chăn nuôi Bình Phước đã kê khai các hóa đơn mua vào nhưng không ghi chỉ tiêu tổng số thuế GTGT được khấu trừ trong kỳ, sau đó, Công ty đã kê khai điều chỉnh trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở Công ty thì không phải là trường hợp bỏ sót không kê khai hóa đơn GTGT đầu vào quá 06 tháng, Công ty được khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định tại điểm 5.1, mục I Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính quy định chi tiết một số Điều của Luật quản lý thuế.

Tổng cục Thuế trả lời để các Cục Thuế được biết và căn cứ thực tế hướng dẫn doanh nghiệp theo quy định.