Về xử lý vi phạm về chế độ hóa đơn chứng từ

Trước hết, về nguyên tắc xử lý đối với các hành vi sai phạm trong lĩnh vực thuế được phát hiện là:

-  Hành vi phát sinh tại thời điểm nào cần phải chiếu theo quy định phát luật có hiệu lực tại thời điểm diễn ra hành vi đó để xác định nghĩa vụ của người nộp thuế.

-  Vi phạm hành chính được phát hiện tại thời điểm nào thì áp dụng pháp luật xử phạt có hiệu lực tại thời điểm đó.

-  Quá thời hiệu xử phạt vi phạm pháp luật về thuế thì người nộp thuế không bị xử phạt nhưng vẫn phải nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế gian lận vào ngân sách nhà nước.

Trong trường hợp của bạn, bạn cần xác định rõ hành vi vi phạm của đơn vị mình thuộc hành vi nào để xem xét về thời hiệu xử phạt tương ứng quy định tại Điều 110 Luật quản lý thuế 78/2006/QH11 được sửa đổi bổ sung  theo Luật số 21/2012/QH13 ngày 20 tháng 11 năm 2012.

Như vậy theo nguyên tắc xử phạt và quy định trên thì cơ quan thuế ra quyết định xử phạt đối với hành vi vi phạm còn thời hiệu xử phạt áp dụng quy định tại văn bản pháp luật có hiệu lực tại thời điểm phát hiện, đồng thời người nộp thuế phải thực hiện nghĩa vụ nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế gian lận vào ngân sách nhà nước phát sinh do hành vi vi phạm (nếu có).

Trường hợp, thời điểm cơ quan thuế phát hiện hành vi vi pham đã hết thời hiệu xử phạt thì cơ quan thuế không ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế đối với hành vi vi phạm. Nhưng người nộp thuế vẫn phải thực hiện nghĩa vụ nộp đủ số tiền thuế thiếu, số tiền thuế trốn, số tiền thuế gian lận vào ngân sách nhà nước phát sinh do hành vi vi phạm (nếu có).

 Nghị định 109/2013/NĐ-CP có hiệu lực kể từ ngày 9 tháng 11 năm 2013, do vậy các hành vi vi phạm phát hiện kể từ thời điểm văn bản có hiệu lực sẽ áp dụng quy định xử phạt vi phạm hành chính theo văn bản này.