Bản án về khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong lĩnh vực thuế và yêu cầu bồi thường thiệt hại số 62/2025/HC-PT

TÒA PHÚC THẨM TÒA ÁN NHÂN DÂN TỐI CAO TẠI ĐÀ NẴNG

BẢN ÁN 62/2025/HC-PT NGÀY 19/08/2025 VỀ KHIẾU KIỆN QUYẾT ĐỊNH HÀNH CHÍNH, HÀNH VI HÀNH CHÍNH TRONG LĨNH VỰC THUẾ VÀ YÊU CẦU BỒI THƯỜNG THIỆT HẠI

Ngày 19 tháng 8 năm 2025, tại Trụ sở Tòa phúc thẩm Tòa án nhân dân tối cao tại Đà Nẵng xét xử phúc thẩm công khai vụ án hành ch ính thụ lý số 61/2025/TLPT- HC ngày 17 tháng 7 năm 2025 về việc “Khiếu kiện quyết định hành chính, hành vi hành chính trong lĩnh vực thuế và yêu cầu bồi thường thiệt hại”.

Do Bản án hành chính sơ thẩm số 06/2025/HC-ST ngày 28/5/2025 của Tòa án nhân dân tỉnh Gia Lai bị kháng cáo.

Theo Quyết định đưa vụ án ra xét xử phúc thẩm số 402/2025/QĐ-PT ngày 01 tháng 8 năm 2025, giữa các đương sự:

- Người khởi kiện: Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên G. Địa chỉ trụ sở: số B N, phường D, thành phố P, tỉnh Gia Lai (nay là số B N, phường D, tỉnh Gia Lai). Người đại diện theo pháp luật: bà Lê Thị H; chức vụ: Giám đốc; có mặt.

- Người bị kiện: Cục Thuế tỉnh G. Người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng là T1 tỉnh Gia Lai.

Người đại diện theo uỷ quyền: ông Trần Quang T, Phó trưởng Thuế tỉnh G. Địa chỉ: Lô C Khu đô thị D hồ P, phường Q, tỉnh Gia Lai; có mặt.

Người bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người bị kiện:

+ Ông Trần Anh H1 - Phó trưởng phòng Kiểm tra số 2 T tỉnh Gia Lai.

+ Ông Hoàng Anh V - Kiểm tra viên Phòng Nghiệp vụ - Dự toán - Pháp chế Thuế tỉnh Gia Lai.

Địa chỉ: Lô C Khu đô thị D hồ P, phường Q, tỉnh Gia Lai; có mặt.

* Người kháng cáo: người khởi kiện, người bị kiện.

NỘI DUNG VỤ ÁN

- Người khởi kiện trình bày:

Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một Thành viên G (gọi tắt là Công ty G) được thành lập và hoạt động theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 5901001128 do Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh G cấp lần đầu ngày 04/12/2014 và thay đổi lần thứ 7 ngày 02/10/2024. Ngành nghề kinh doanh chủ yếu là mua bán nội địa, xuất khẩu hàng công nghệ thực phẩm và hàng tiêu dùng qua biên giới đất liền tại Cửa khẩu Quốc tế L1, huyện Đ, tỉnh Gia Lai và Cửa khẩu Quốc tế B1, huyện N, tỉnh Kon Tum cho hai Doanh nghiệp nhập khẩu nước ngoài là SOK ROTANAK SAMBATH IMPORT & EXPORT CO.LTD và SOMPASONG SYVILAY CHARELN IMPORT- EXPORT CO.LTD, Công ty có đăng ký kê khai nộp thuế tại Chi cục Thuế thành phố P, tỉnh Gia Lai. Là doanh nghiệp đủ điều kiện được hưởng chính sách hoàn thuế GTGT theo quy định của pháp luật.

Doanh nghiệp bắt đầu hoạt động từ năm 2015 và trải qua sáu năm liên tục được hoàn thuế GTGT theo cả hai diện “Hoàn thuế trước kiểm tra sau” và “Kiểm tra trước hoàn thuế sau”. Công ty G thực hiện quyền đề nghị hoàn thuế trên cơ sở trình tự, thủ tục theo quy định của pháp luật.

Ngày 15/5/2023, Công ty G nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế từ kỳ tháng 02/2021 đến kỳ tháng 10/2021 với số tiền là: 11.819.719.300 đồng (mười một tỷ tám trăm mười chín triệu bảy trăm mười chín nghìn ba trăm đồng). Ngày 17/5/2023, Cục Thuế tỉnh G chấp nhận Hồ sơ đề nghị hoàn thuế của công ty theo các Thông báo số 1633, 1634, 1635, 1636, 1637, 1638, 1639, 1640, 1641/TBGTGLA-KĐT.

Ngày 19/5/2023, Công ty G nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế từ kỳ tháng 01/2022 đến kỳ tháng 04/2022 với số tiền là: 1.670.160.400 đồng (một tỷ sáu trăm bảy mươi triệu một trăm sáu mươi nghìn bốn trăm đồng). Ngày 31/5/2023, Cục Thuế tỉnh G chấp nhận Hồ sơ đề nghị hoàn thuế của công ty theo các Thông báo số 1926, 1927, 1928, 1929/TBGTGLA-KĐT.

Thời gian hẹn trả kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế là bốn mươi ngày kể từ ngày cơ quan thuế chấp nhận hồ sơ hoàn thuế của Doanh nghiệp.

Ngày 26/6/2023, Cục Thuế tỉnh G tiến hành lập Biên bản kiểm tra Thuế tại Công ty G, nội dung kiểm tra trước hồ sơ hoàn thuế GTGT thời điểm tháng 02/2021 đến tháng 10/2021. Qua quá trình kiểm tra, cơ quan Thuế chấp nhận số tiền 11.587.272.484 đồng (mười một tỷ năm trăm tám mươi bảy triệu hai trăm bảy mươi hai nghìn bốn trăm tám mười bốn đồng) là số tiền GTGT đầu vào của hàng hóa dùng cho hoạt động xuất khẩu và số tiền 232.446.816 đồng (hai trăm ba mươi hai triệu bốn trăm bốn mươi sáu nghìn tám trăm mười sáu đồng) là không phục vụ cho hoạt động xuất khẩu, lý do là chờ kết quả xác minh, số tiền này không dùng cho hoạt động xuất khẩu.

Ngày 04/7/2023, Cục Thuế tỉnh G tiến hành lập Biên bản kiểm tra Thuế tại Công ty G, nội dung kiểm tra trước hồ sơ hoàn thuế GTGT thời điểm tháng 01/2022 đến tháng 4/2022. Qua quá trình kiểm tra, cơ quan Thuế chấp nhận số tiền:

1.140.582.408 đồng (một tỷ một trăm bốn mươi triệu năm trăm tám mươi hai nghìn bốn trăm linh tám đồng) là số tiền GTGT đầu vào của hàng hóa dùng cho hoạt động xuất khẩu, đối với số tiền 529.577.992 đồng (năm trăm hai mươi chín triệu, năm trăm bảy mươi bảy nghìn chín trăm chín mươi hai đồng) là tiền thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện hoàn thuế của hàng hóa, dịch vụ mua vào không dùng cho hoạt động xuất khẩu do xác định chưa đúng tỷ lệ giữa doanh thu hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ trong kỳ và thuế GTGT đầu vào đề nghị hoàn của hàng hoá dịch vụ xuất khẩu trong kỳ dưới 300 triệu đồng theo kết luận kiểm tra thuế số 2042/ KL-CTGLA-KG và 2076/ KL- CTGLA-KG.

Tuy nhiên, đến nay Cục Thuế tỉnh vẫn chưa hoàn thuế cho Công ty vì lý do Công ty có dấu hiệu rủi ro cao về hoàn thuế nên phải tiến hành xác minh. Đến cùng ngày 01/8/2024, Cục T tỉnh đã ban hành các Thông báo số 5753/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5754/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5755/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5756/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5757/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5758/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5759/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5760/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5761/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5763/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5764/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5765/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5766/TB-CTGLA-KĐT để thông báo về việc không được hoàn thuế và Thông báo số 1844/TB-CTGLA-KG thông báo về việc giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT để trả lời cho Công ty G. lẽ:

Phía Công ty hoàn toàn không đồng ý với nội dung của các Thông báo này, bởi Thứ nhất, việc Cục Thuế tỉnh G khẳng định Công ty TNHH MTV G có dấu hiệu rủi ro cao về hoàn thuế GTGT theo danh sách phụ lục 1 ban hành kèm theo Công văn số 633/TCT-TCKT ngày 07/3/2022 là hoàn toàn không có cơ sở. Công ty G không có bất kỳ dấu hiệu nào trong số 25 dấu hiệu vi phạm được liệt kê trong phụ lục nêu trên. Nhận định của Cục T mang tính chủ quan, suy diễn và áp đặt, gây ảnh hưởng tiêu cực đến quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp. Do đó, việc Cục T đưa Công ty vào danh sách doanh nghiệp có rủi ro cao là không khách quan và thiếu căn cứ pháp lý.

Thứ hai, về chi phí vận chuyển, nhận định của Cục Thuế tỉnh G rằng Công ty G có dấu hiệu rủi ro về tính xác thực của hàng hóa là cảm tính và không dựa trên cơ sở pháp lý rõ ràng. Công ty đã cung cấp đầy đủ hợp đồng mua bán với các nhà cung cấp, kèm theo phụ lục, bảng xác nhận chi phí vận chuyển, bốc dỡ hàng hóa tương ứng với từng hợp đồng. Điều khoản về chi phí vận chuyển được thể hiện rõ ràng trong hợp đồng. Việc một số nhà cung cấp không hạch toán chi phí vận chuyển không ảnh hưởng đến quyền được khấu trừ, hoàn thuế của Công ty G, vì trách nhiệm của doanh nghiệp là kê khai đúng, đầy đủ chi phí phát sinh theo hợp đồng, chứ không phải chịu trách nhiệm về phương pháp kế toán nội bộ của bên cung cấp. Do đó, việc suy luận Công ty có dấu hiệu rủi ro từ dữ liệu không đầy đủ là không chính xác, áp đặt và không công bằng.

Thứ ba, hoạt động xuất khẩu của Công ty G qua các cửa khẩu quốc tế L1 (Gia Lai) và Bờ Y (Kon Tum) đều được thực hiện theo đúng quy định pháp luật. Công ty đã giao dịch thực tế với các thương nhân nước ngoài. Cụ thể, đối với doanh nghiệp tại Lào, việc thanh toán được thực hiện qua tài khoản ngân hàng tại Lào, chuyển khoản sang tài khoản S của Công ty tại Việt Nam. Đối với doanh nghiệp tại Campuchia, tiền mặt được chuyển qua cửa khẩu và nộp vào tài khoản vãng lai tại ngân hàng T2, hoàn toàn phù hợp với Quyết định số 17/2004/QĐ-NHNN ngày 05/01/2004 và các văn bản hướng dẫn có liên quan. Từ tháng 02/2021 đến tháng 10/2021 và từ tháng 01/2022 đến tháng 04/2022, Công ty đã thực hiện 323 tờ khai hải quan được thông quan, trong đó chủ yếu là luồng xanh. Tất cả hàng hóa đều có chứng từ hợp lệ, được xác nhận là có xuất xứ rõ ràng và đáp ứng điều kiện xuất khẩu.

Điều này được thể hiện rõ trong Kết luận thanh tra số 1226/KL-HQGLKT ngày 11/10/2022 và các văn bản liên quan của Cục H – Kon Tum.

Việc Cục Thuế tỉnh G dẫn chiếu một số sai sót nhỏ trong khai báo mã số hàng hóa để xác định Công ty có rủi ro cao là không hợp lý. Từ năm 2018 đến 30/6/2022, Công ty G đã mở tổng cộng 1.349 tờ khai hải quan. Những sai sót về mã hàng là không phổ biến, không ảnh hưởng đến chính sách quản lý nhà nước, không gây thiệt hại kinh tế, và đã được hướng dẫn xử lý theo đúng quy định. Các nội dung này cũng đã được phản ánh rõ trong văn bản số 1460/HQGLKT-NV ngày 05/12/2022 của Cục H – Kon Tum.

Thứ tư, liên quan đến việc xác minh thông tin hai doanh nghiệp nước ngoài là SOK ROTANAK SAMBATH IMPORT & EXPORT CO., LTD (Campuchia) và SOMPASONG SYVILAY CHARELN IMPORT-EXPORT CO., L (Lào), Công an tỉnh G đã xác nhận cả hai doanh nghiệp này đều được thành lập hợp pháp, có giấy phép đăng ký kinh doanh do cơ quan có thẩm quyền tại nước sở tại cấp. Cả hai doanh nghiệp có ký kết hợp đồng mua bán với Công ty G, và các giao dịch đều có chứng từ hợp lệ, có xác nhận thanh toán qua ngân hàng hoặc hải quan cửa khẩu, phù hợp với quy định pháp luật của Việt Nam và nước sở tại. Theo Hiệp định giữa Chính phủ Việt Nam và C về tránh đánh thuế hai lần, các doanh nghiệp này không thuộc đối tượng cư trú hoặc cơ sở thường trú tại Việt Nam, nên không chịu sự điều chỉnh về nghĩa vụ thuế tại Việt Nam. Việc họ không khai báo thuế tại nước sở tại không ảnh hưởng đến quyền được hoàn thuế của Công ty G. Thứ năm, theo Thông tư số 25/2018/TTBTC ngày 16/3/2018, Điều 2 sửa đổi bổ sung khoản 4 Điều 18 của Thông tư số 219/2013 ngày 31/12/2019 của Bộ T3 đã được sửa đổi bổ sung theo Thông tư số 130/2016/TTBTC ngày 12/08/2016 của Bộ T4 Chính thì hoạt động của Công ty G thỏa mãn điều kiện hoàn thuế.

Thứ sáu, theo quy định tại Thông tư số 25/2018/TT-BTC ngày 16/3/2018 và các Thông tư liên quan, hoạt động xuất khẩu của Công ty G đáp ứng đầy đủ điều kiện hoàn thuế GTGT. Theo Thông báo số 2031/TB-CTGLA-KG ngày 26/6/2023 và Thông báo số 2077/TB-CTGLA-KG ngày 07/7/2023, Cục Thuế tỉnh G đã chấp nhận hoàn thuế GTGT đầu vào cho Công ty G với tổng số tiền hơn 12,7 tỷ đồng.

Con số này hoàn toàn khớp với Biên bản kiểm tra và Kết luận kiểm tra của Cục T. Các khoản không được hoàn thuế chỉ liên quan đến hàng hóa, dịch vụ không dùng cho hoạt động xuất khẩu và chưa đạt ngưỡng theo quy định.

Thứ bảy, theo quy định tại khoản 2 Điều 75 Luật Quản lý thuế năm 2019 và điểm c, điểm d.1 khoản 1 Điều 34 Thông tư số 80/2021/TT-BTC, cơ quan thuế có trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế trong thời hạn tối đa 40 ngày kể từ ngày thông báo chấp nhận hồ sơ, kể cả đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn. Việc Cục Thuế tỉnh G chậm trễ giải quyết và viện dẫn lý do “chờ ý kiến Tổng cục Thuế” là không phù hợp với quy định pháp luật hiện hành. Cơ quan thuế cấp tỉnh có đầy đủ thẩm quyền theo Điều 76 của Luật Quản lý thuế để quyết định hoàn thuế khi đã có đủ hồ sơ và căn cứ pháp lý rõ ràng.

Ngoài ra, Cục Thuế tỉnh G còn chuyển thông tin sang Công an tỉnh G với nghi ngờ Công ty G có hành vi sử dụng chứng từ giả liên quan đến các giao dịch với công ty tại Lào và Campuchia. Tuy nhiên, Công an tỉnh đã kết luận Công ty không có dấu hiệu tội phạm và ra quyết định không khởi tố vụ án hình sự.

Việc tố giác không đúng đã gây thiệt hại nghiêm trọng đến uy tín và hoạt động kinh doanh của Công ty, khiến Công ty rơi vào tình trạng tạm ngừng hoạt động, mất khả năng trả nợ.

Do đó, Công ty G khởi kiện yêu cầu Tòa án giải quyết:

- Hủy Thông báo số 1844/TB-CTGLA-KG ngày 01/8/2024 của Cục Thuế tỉnh G thông báo về việc giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT.

- Hủy các Thông báo số 5753/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5754/TB- CTGLA-KĐT; Thông báo số 5755/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5756/TB- CTGLA-KĐT; Thông báo số 5757/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5758/TB- CTGLA-KĐT; Thông báo số 5759/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5760/TB- CTGLA-KĐT; Thông báo số 5761/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5763/TB- CTGLA-KĐT; Thông báo số 5764/TB-CTGLA-KĐT; Thông báo số 5765/TB- CTGLA-KĐT; Thông báo số 5766/TB-CTGLA-KĐT của Cục Thuế tỉnh G thông báo về việc không được hoàn thuế.

- Buộc Cục Thuế tỉnh G hoàn 11.819.719.300 đồng (mười một tỷ tám trăm mười chín triệu bảy trăm mười chín nghìn ba trăm đồng) và 1.140.582.408 đồng (một tỷ một trăm bốn mươi triệu năm trăm tám mươi hai nghìn bốn trăm linh tám triệu đồng) cho Công ty TNHH Một thành viên G. - Buộc Cục Thuế tỉnh G hoàn trả phần tiền lãi chậm trả cho Công ty TNHH Một thành viên G theo Điều 75 của Luật Quản lý thuế năm 2019 là thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho Doanh nghiệp thì “Cơ quan quản lý T1 còn phải trả tiền lãi với mức 0.03%/ngày tính trên số tiền phải hoàn trả và số ngày chậm hoàn trả tạm tính đến thời điểm” này đối với 09 bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế được chấp nhận với số tiền 11.819.719.300 đồng (mười một tỷ, tám trăm mười chín triệu, bảy trăm mười chín ngàn, ba trăm đồng). Đã quá hạn 552 ngày kể từ ngày chấp nhận hồ sơ của người nộp thuế tạm tính đến ngày 18/11/2024 là 1.957.345.516 đồng (một tỷ chín trăm năm mươi bảy triệu ba trăm bốn mươi lăm nghìn, năm trăm mười sáu đồng), và 04 bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế được chấp nhận ngày 31/05/2023 với số tiền là 1.670.160.400 đồng (một tỷ sáu trăm bảy mươi triệu một trăm sáu mươi nghìn bốn trăm đồng) đã quá hạn hơn 538 ngày kể từ ngày chấp nhận hồ sơ của người nộp thuế tạm tính đến ngày 18/11/2024 với số tiền là 269.563.888 đồng (hai trăm sáu mươi chín triệu năm trăm sáu mươi ba nghìn tám trăm tám mươi tám đồng).

- Buộc Cục Thuế tỉnh G phải bồi thường thiệt hại đối với việc ra quyết định đối với 13 thông báo số 5753, 5754, 5755, 5756, 5757, 5758, 5759, 5760, 5761, 5763, 5764, 5765, 5766/TB-CTGLA-KĐT về việc không được hoàn thuế cùng ngày 01/8/2024 đối với Công ty TNHH MTV G tạm tính đến ngày 28/10/2024 với số tiền thiệt hại là 2.134.814.978 đồng (hai tỷ một trăm ba mươi tư triệu tám trăm mười bốn nghìn chín trăm bảy mươi tám đồng). Trong đó:

Tiền gốc vay của ông Nguyễn Đức B là 5.100.000.000 đồng (năm tỷ một trăm triệu đồng) theo Bản án 35/2024/DS-ST ngày 22/4/2024 của Tòa án nhân dân thành phố Pleiku, tỉnh Gia Lai; tiền lãi vay theo Bản án tạm tính từ 21/8/2023 đến 22/4/2024 là 505.109.600 đồng (năm trăm linh năm triệu, một trăm linh chín nghìn sáu trăm đồng). Và từ ngày 23/4/2024 đến ngày 18/11/2024 là tổng 210 ngày x với lãi suất quá hạn 22.5%/năm là 669.375.000 đồng (sáu trăm sáu mươi chín triệu, ba trăm bảy lăm nghìn đồng), án phí sơ thẩm Công ty phải trả trong vụ kiện về việc tranh chấp hợp đồng dân sự vay tài sản theo Bản án số 35/2024/DSST ngày 22/4/2024 là 113.605.000 đồng (một trăm mười ba triệu, sáu trăm linh năm nghìn đồng).

Tiền lãi vay theo hợp đồng tín dụng tại ngân hàng A Chi nhánh P - Gia Lai, tạm tính từ ngày 17/5/2023 đến ngày 18/11/2024 là 7.000.000.000 đồng x 9%/năm x 552 ngày = 966.000.000 đồng (chín trăm sáu mươi sáu triệu đồng).

- Người bị kiện trình bày:

Đối với Thông báo số 1844/TB-CTGLA-KG ngày 01 tháng 8 năm 2024 của Cục Thuế tỉnh G về việc giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT - Về thẩm quyền, trình tự, thủ tục ban hành: Cục Thuế tỉnh G đã thực hiện đúng quy định tại Luật quản lý thuế và các Văn bản hướng dẫn thi hành.

- Người khởi kiện yêu cầu Tòa án giải quyết hủy Thông báo này, Cục T tỉnh có ý kiến như sau:

Thông báo số 1844/TB-CTGLA-KG là Thông báo về việc chưa ban hành quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) cho Công ty G chứ không phải Thông báo không hoàn thuế. Việc giải quyết hoàn thuế cho Công ty G với số tiền 450.730.300 đồng vẫn đang diễn ra, chưa kết thúc.

Cục Thuế đang phối hợp với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền để xác minh việc tuân thủ pháp luật về thuế của Công ty G. Khi có kết quả trả lời xác minh, Cục T sẽ thực hiện ngay việc giải quyết hoàn thuế theo quy định. Việc xác minh khi có dấu hiệu rủi ro đã được quy định tại điểm c, điểm đ.1 khoản 1 Điều 34 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ trưởng Bộ T3. Vì vậy, Cục Thuế ban hành Thông báo số 1844/TB-CTGLA-KG về việc chưa ban hành quyết định hoàn thuế GTGT cho Công ty G là đúng quy định pháp luật.

Đối với các Thông báo về việc không được hoàn thuế cùng ngày 01 tháng 8 năm 2024 của Cục Thuế tỉnh G: - Về thẩm quyền, trình tự, thủ tục ban hành: Cục Thuế tỉnh G đã thực hiện đúng quy định tại Luật quản lý thuế và các Văn bản hướng dẫn thi hành.

- Người khởi kiện yêu cầu Tòa án giải quyết hủy các Thông báo về việc không được hoàn thuế ngày 01/8/2024 của Cục Thuế tỉnh G, cụ thể là các Thông báo số 5753/TB-CTGLA-KĐT; 5754/TB-CTGLA-KĐT; 5755/TB-CTGLA-KĐT;

5756/TB-CTGLA-KĐT; 5757/TB-CTGLA-KĐT; 5758/TB-CTGLA-KĐT;

5759/TB-CTGLA-KĐT; 5760/TB-CTGLA-KĐT; 5761/TB-CTGLA-KĐT;

5763/TB-CTGLA-KĐT; 5764/TB-CTGLA-KĐT; 5765/TB-CTGLA-KĐT;

5766/TB-CTGLA-KĐT.

Cục Thuế tỉnh có ý kiến như sau:

Từ kỳ kê khai thuế GTGT tháng 02/2021 đến tháng 04/2023, Công ty G có 13 (mười ba) bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế hợp lệ gửi đến Cục T tuần tự ngày 15/5/2023 (Cục Thuế tỉnh G nhận 09 bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của Công ty G với tổng số tiền đề nghị hoàn là 11.819.719.300 đồng); ngày 29/5/2023 (Cục Thuế tỉnh G nhận 04 bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của Công ty G với tổng số tiền đề nghị hoàn là 1.670.160.400 đồng). Cục T đã thông báo chấp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế và bắt đầu giải quyết hồ sơ hoàn thuế tuần tự ngày 17/5/2023 và 31/5/2023 theo đúng quy định tại khoản 3 Điều 72 Luật Quản lý thuế.

Công ty G thuộc trường hợp hồ sơ rủi ro về hoàn thuế cao theo phân loại quản lý rủi ro trong quản lý thuế nên hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định tại điểm d khoản 2 Điều 73 Luật Quản lý thuế ngày 13/6/2019. Vì vậy, sau khi thông báo chấp nhận các bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế nêu trên, Cục T đã ban hành Quyết định kiểm tra trước hoàn thuế GTGT tại Công ty G. Trong quá trình kiểm tra, Cục T tỉnh đã có văn bản gửi Tổng cục T5 về việc đề nghị xác minh thông tin theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần đối với đơn vị nước ngoài nhập khẩu hàng hóa của Công ty G tại Công văn số 1060/CTGLA-TTKT3 ngày 31/5/2023 và Công văn số 1320/CTGLA-TTKT3 ngày 28/6/2023.

Kết thúc kiểm tra, vẫn chưa có kết quả trả lời xác minh của T5 nên Cục T1 (Đoàn kiểm tra) đã xác lập Biên bản kiểm tra nêu rõ số thuế có cơ sở xác định đủ điều kiện hoàn, số thuế chưa có cơ sở xác định đủ điều kiện hoàn và ban hành các Thông báo số 2031/TB-CTGLA-KG ngày 26/6/2023 và Thông báo số 2077/TB- CTGLA-KG ngày 07/7/2023 chưa ban hành quyết định hoàn thuế GTGT cho Công ty G đối với số thuế GTGT đầu vào dùng cho hoạt động xuất khẩu nhưng chưa có cơ sở xác định đủ điều kiện hoàn theo quy định tại điểm c và điểm đ1 khoản 1 Điều 34 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ trưởng Bộ T3, đồng thời nêu rõ khi có đầy đủ kết quả xác minh, Cục T sẽ thực hiện ngay việc giải quyết hoàn thuế cho Công ty G nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế GTGT theo quy định.

Đến ngày 21/8/2023, Cục T nhận được Công văn số 3682/TCT-HTQT của Tổng cục T5, theo đó Cơ quan thuế Campuchia cung cấp thông tin về giao dịch xuất nhập khẩu giữa 02 công ty Việt Nam và 02 Công ty C1 với nội dung: “chúng tôi nhận thấy rằng không có bất kỳ hoạt động kinh doanh và giao dịch nào được diễn ra giữa hai doanh nghiệp của Campuchia và hai doanh nghiệp của Việt Nam trong thời gian từ năm 2016 đến năm 2021”.

Với thông tin trả lời xác minh của Cơ quan thuế Campuchia, Cục T xác định Công ty G có dấu hiệu gian lận hoàn thuế, vi phạm pháp luật về thuế. Vì vậy, Cục T đã chuyển tin báo sang Công an tỉnh G tại Công văn số 2858/CHS-CTGLA-KG ngày 08/9/2023 về việc chuyển tin báo vụ việc về thuế sang cơ quan Điều tra. Đồng thời, Cục T có Thông báo số 2860/TB-CTGLA-KG ngày 08/9/2023 thông báo hồ sơ hoàn thuế của Công ty G chưa đủ điều kiện hoàn và khi có kết luận của Công an tỉnh G thì Cục T sẽ xem xét xử lý hoàn thuế theo quy định tại khoản 5 Điều 35 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ T3. Ngày 22/3/2024, Cục T nhận được kết quả trả lời của Công an tỉnh G, tuy nhiên Công văn trả lời có đóng dấu “Mật” nên Cục Thuế không thể trích dẫn nội dung tại Công văn này. Ngoài ra, khi nhận được Công văn trả lời của Công an tỉnh G, Cục T đã báo cáo Tổng cục T5 và đề xuất xử lý hồ sơ hoàn thuế của Công ty G theo quy định của pháp luật (tài liệu mang nội dung “Mật”). Sau đó Tổng cục T5 đã có Công văn chỉ đạo (tài liệu mang nội dung “Mật”).

Sau khi nhận được Công văn chỉ đạo từ Tổng cục T5, ngày 01/8/2024 Cục T ban hành 13 Thông báo về việc không hoàn thuế với tổng số tiền 13.039.149.400 đồng, trong đó: chuyển khấu trừ tiếp tổng số tiền 1.330.441.100 đồng; không được khấu trừ tổng số tiền 11.708.708.300 đồng. Lý do không được hoàn thuế Cục Thuế đã nêu rõ trong từng Thông báo về việc không hoàn thuế, cụ thể:

- Công ty G không được hoàn thuế GTGT số tiền 604.627.000 đồng do xác định thuế GTGT đầu vào đề nghị hoàn chưa đúng theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại theo quy định tại điểm a khoản 4 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31 tháng 12 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ T3 (gọi tắt là Thông tư số 219), được sửa đổi, bổ sung theo quy định tại Điều 2 Thông tư số 25/2018/TT-BTC ngày 16/3/2018 của Bộ trưởng Bộ T3. (gọi tắt là Thông tư số 25).

- Công ty G không được hoàn thuế GTGT số tiền 10.980.400.164 đồng do căn cứ kết quả điều tra, xác minh thì số tiền 10.980.400.164 đồng liên quan đến hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không đủ điều kiện áp dụng thuế suất 0% theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 9 và không đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 16 Thông tư số 219.(được sửa đổi, bổ sung theo quy định tại Điều 2 Thông tư số 25).

- Công ty G không được hoàn thuế GTGT số tiền 1.454.122.236 đồng đối với 08 (tám) hồ sơ do thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu đề nghị hoàn trong kỳ dưới 300 triệu đồng theo quy định tại điểm a khoản 4 Điều 18 Thông tư số 219 (được sửa đổi, bổ sung theo quy định tại Điều 2 Thông tư số 25).

Vì vậy, Cục T ban hành 13 Thông báo về việc không được hoàn thuế đối với Công ty G là đúng quy định pháp luật.

Đối với yêu cầu đề nghị Tòa án giải quyết buộc Cục Thuế tỉnh G hoàn 11.819.719.300 đồng và 1.140.582.408 đồng cho Công ty G. 14 Thông báo mà Cục Thuế tỉnh G ban hành đối với Công ty G là hoàn toàn đúng quy định pháp luật. Việc Công ty G yêu cầu Tòa án giải quyết buộc Cục Thuế tỉnh G hoàn thuế với tổng số tiền 12.960.301.708 đồng là không có căn cứ pháp luật.

Về nội dung yêu cầu Cục Thuế tỉnh G bồi thường thiệt hại Tại khoản 2, khoản 3 Điều 75 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 đã quy định việc trả tiền lãi khi cơ quan thuế chậm ban hành quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế.

Người khởi kiện yêu cầu Cục Thuế tỉnh G bồi thường thiệt hại về việc ban hành 13 Thông báo không hoàn thuế GTGT cho Công ty TNHH Một thành viên G với số tiền: 2.134.814.978 đồng, gồm các khoản: gốc vay, lãi vay, án phí sơ thẩm vụ kiện dân sự… trong đơn khởi kiện (sửa đổi, bổ sung) đề ngày 18/11/2024 của Công ty TNHH Một thành viên G là không có căn cứ pháp luật;

Vì các lẽ trên, yêu cầu Tòa án bác yêu cầu bồi thường thiệt hại do yêu cầu không có căn cứ pháp luật.

Về nội dung yêu cầu Cục Thuế tỉnh G hoàn trả phần tiền lãi chậm trả theo Điều 75 Luật Quản lý thuế Theo quy định tại khoản 3 Điều 75 Luật Quản lý thuế thì Cơ quan quản lý thuế chỉ phải trả tiền lãi trong trường hợp “chậm ban hành quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế”.

Yêu cầu “Buộc Cục Thuế tỉnh G hoàn trả phần tiền lãi chậm trả cho Công ty TNHH Một thành viên G theo Điều 75 của Luật Quản lý thuế năm 2019” của người khởi kiện là không có căn cứ pháp luật.

Vì các lẽ trên, Cục Thuế tỉnh G đề nghị Tòa án nhân dân tỉnh Gia Lai bác toàn bộ yêu cầu của Người khởi kiện.

Tại Bản án hành chính sơ thẩm số 06/2025/HC-ST ngày 28/5/2025, Tòa án nhân dân tỉnh Gia Lai quyết định: căn cứ khoản 2, khoản 4 Điều 3, Điều 30, khoản 4 Điều 32, Điều 116, Điều 191, Điều 193, Điều 194, Điều 206 của Luật tố tụng hành chính; Điều 32 của Nghị quyết số 326/NQ-UBTVQH14 ngày 30/12/2016 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội quy định về mức thu, miễn, giảm, thu, nộp, quản lý và sử dụng án phí và lệ phí Tòa án; Căn cứ Luật quản lý thuế;

Tuyên xử:

1. Chấp nhận một phần yêu cầu khởi kiện của người khởi kiện về việc:

Hủy Thông báo số 1844/TB-CTGLA-KG ngày 01/8/2024 của Cục Thuế tỉnh G thông báo về việc giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT và hủy các Thông báo số 5753/TB-CTGLA-KĐT, 5754/TB-CTGLA-KĐT, 5755/TB-CTGLA-KĐT, 5756/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5757/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5758/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5759/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5760/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5761/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5763/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5764/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5765/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5766/TB-CTGLA-KĐT cùng ngày 01/8/2024 của Cục Thuế tỉnh G thông báo về việc không được hoàn thuế.

Buộc Cục Thuế tỉnh G (nay là Chi cục Thuế khu vực X) thực hiện nhiệm vụ, công vụ xem xét, hoàn thuế GTGT cho Công ty G theo quy định của pháp luật.

2. Bác yêu cầu khởi kiện của người khởi kiện về việc:

- Buộc Cục Thuế tỉnh G phải bồi thường thiệt hại đối với việc ra quyết định đối với 13 thông báo số 5753, 5754, 5755, 5756, 5757, 5758, 5759, 5760, 5761, 5763, 5764, 5765, 5766/TB-CTGLA-KĐT về việc không được hoàn thuế cùng ngày 01/8/2024 đối với Công ty TNHH MTV G tạm tính đến ngày 28/10/2024 với số tiền thiệt hại là 2.134.814.978 đồng (Hai tỷ, một trăm ba mươi bốn triệu, tám trăm mười bốn ngàn chín trăm bảy mươi tám đồng).

- Buộc Cục Thuế tỉnh G hoàn trả phần tiền lãi chậm trả cho Công ty TNHH Một thành viên G theo Điều 75 của Luật Quản lý thuế năm 2019.

Ngoài ra, bản án sơ thẩm còn quyết định về phần án phí và thông báo quyền kháng cáo theo luật định.

- Ngày 09/6/2025, người khởi kiện Công ty TNHH MTV G kháng cáo bản án sơ thẩm, yêu cầu Tòa án cấp phúc thẩm sửa bản án sơ thẩm để chấp nhận toàn bộ yêu cầu khởi kiện của người khởi kiện.

- Ngày 10/6/2025, người bị kiện Cục Thuế tỉnh G (nay là T tỉnh Gia Lai) kháng cáo bản án sơ thẩm, yêu cầu Tòa án cấp phúc thẩm sửa bản án sơ thẩm để bác toàn bộ yêu cầu khởi kiện của người khởi kiện.

- Căn cứ vào các tài liệu, chứng cứ có trong hồ sơ vụ án đã được thẩm tra tại phiên tòa, kết quả tranh tụng tại phiên tòa;

NHẬN ĐỊNH CỦA TÒA ÁN

[1]. Ngày 09/6/2025, người khởi kiện Công ty G kháng cáo bản án sơ thẩm, yêu cầu Tòa án cấp phúc thẩm sửa bản án sơ thẩm để chấp nhận toàn bộ yêu cầu khởi kiện của người khởi kiện; ngày 10/6/2025, người bị kiện Cục Thuế tỉnh G (người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng là Thuế tỉnh Gia Lai) kháng cáo yêu cầu Tòa án cấp phúc thẩm sửa bản án sơ thẩm để bác toàn bộ yêu cầu khởi kiện của người khởi kiện. Đơn kháng cáo của các bên đương sự là trong thời hạn quy định tại Điều 206 của Luật Tố tụng hành chính, do đó được Hội đồng xét xử xem xét theo trình tự phúc thẩm.

Tại phiên toà, người khởi kiện và người bị kiện giữ nguyên nội dung kháng cáo, các bên không đối thoại được với nhau về việc giải quyết vụ án.

Đại diện Viện Công tố và Kiểm sát xét xử phúc thẩm tại Đà Nẵng đề nghị Hội đồng xét xử căn cứ khoản 1 Điều 241 Luật Tố tụng hành chính bác toàn bộ kháng cáo của người khởi kiện Công ty TNHH MTV G, kháng cáo của người bị kiện Cục Thuế tỉnh G (người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng là Thuế tỉnh Gia Lai) và giữ nguyên quyết định của bản án sơ thẩm.

[2]. Xét kháng cáo của đương sự, Hội đồng xét xử xem xét các nội dung yêu cầu khởi kiện của Công ty TNHH MTV G: [2.1]. Đối với yêu cầu khởi kiện Hủy các Văn bản của Cục thuế tỉnh G nay là Chi cục Thuế khu vực X, gồm: (1) Thông báo số 1844/TB-CTGLA-KG ngày 01/8/2024 của Cục Thuế tỉnh G thông báo về việc giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT, (2) Thông báo số 5753/TB-CTGLA-KĐT; (3) Thông báo số 5754/TB- CTGLA-KĐT; (4) Thông báo số 5755/TB-CTGLA-KĐT; (5) Thông báo số 5756/TB-CTGLA-KĐT; (6) Thông báo số 5757/TB-CTGLA-KĐT; (7) Thông báo số 5758/TB-CTGLA-KĐT; (8) Thông báo số 5759/TB-CTGLA-KĐT; (9) Thông báo số 5760/TB-CTGLA-KĐT; (10) Thông báo số 5761/TB-CTGLA-KĐT; (11) Thông báo số 5763/TB-CTGLA-KĐT; (12) Thông báo số 5764/TB-CTGLA-KĐT; (13) Thông báo số 5765/TB-CTGLA-KĐT; (14) Thông báo số 5766/TB-CTGLA- KĐT của Cục Thuế tỉnh G thông báo về việc không được hoàn thuế. Đồng thời buộc Cục Thuế tỉnh G hoàn 11.819.719.300 đồng (mười một tỷ tám trăm mười chín triệu bảy trăm mười chín nghìn ba trăm đồng) và 1.140.582.408 đồng (một tỷ một trăm bốn mươi triệu năm trăm tám mươi hai nghìn bốn trăm linh tám triệu đồng) cho Công ty TNHH Một thành viên G. [2.1.1]. Xét điều kiện hoàn thuế của Công ty G, thấy rằng:

Công ty G được thành lập từ năm 2014, ngành nghề kinh doanh chủ yếu là tiêu dùng nội địa, xuất khẩu hàng công nghệ thực phẩm và hàng tiêu dùng qua biên giới đất liền tại cửa khẩu Quốc tế L1, huyện Đ, tỉnh Gia Lai và cửa khẩu Quốc tế B1, huyện N, tỉnh Kon Tum cho hai Doanh nghiệp nhập khẩu nước ngoài là SOK ROTANAK SAMBATH IMPORT & EXPORT CO.LTD và SOMPASONG SYVILAY CHARELN IMPORT- EXPORT CO.LTD. Công ty có đăng ký kê khai nộp thuế tại Chi cục Thuế thành phố P, tỉnh Gia Lai và đủ điều kiện hưởng hoàn thuế GTGT theo quy định. Từ năm 2015 đến năm 2020, Công ty được hoàn thuế theo cả hai diện: hoàn thuế trước kiểm tra sau và kiểm tra trước hoàn thuế sau.

Ngày 15/5/2023, Công ty G nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế từ kỳ tính thuế tháng 02/2021 đến tháng 10/2021 với số tiền đề nghị hoàn thuế 11.819.719.300 đồng; ngày 19/5/2023, Công ty G đề nghị hoàn thuế từ kỳ tính thuế tháng 01/2022 đến tháng 04/2022 với số tiền 1.670.160.400 đồng. Người bị kiện cho rằng Công ty G thuộc trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc loại rủi ro về thuế cao theo phân loại quản lý rủi ro trong quản lý thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định tại điểm d khoản 2 Điều 73 Luật Quản lý thuế ngày 13/6/2019. Vì vậy, Cục T đã ban hành Quyết định kiểm tra trước hoàn thuế GTGT tại Công ty G, đồng thời có văn bản gửi Tổng cục T5 về việc đề nghị xác minh thông tin theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần đối với đơn vị nước ngoài nhập khẩu hàng hóa của Công ty G. Tại Công văn số 3682/TCT-HTQT của Tổng cục T5 cung cấp thông tin từ Cơ quan thuế Campuchia về giao dịch xuất nhập khẩu giữa 02 công ty Việt Nam và 02 Công ty C1 với nội dung: “chúng tôi nhận thấy rằng không có bất kỳ hoạt động kinh doanh và giao dịch nào được diễn ra giữa hai doanh nghiệp của Campuchia và hai doanh nghiệp của Việt Nam trong thời gian từ năm 2016 đến năm 2021”. Trên cơ sở đó, Cục T xác định Công ty G có dấu hiệu gian lận hoàn thuế, vi phạm pháp luật về thuế nên chuyển cơ quan điều tra, sau đó ban hành 13 Thông báo không hoàn thuế nêu trên.

[2.1.2]. Thấy rằng, thứ nhất, người bị kiện cho rằng sau khi nhận được kết quả trả lời của Công an tỉnh G do Công văn trả lời có đóng dấu “Mật” nên Cục Thuế không thể trích dẫn nội dung tại Công văn này, đã báo cáo Tổng cục T5 và đề xuất xử lý hồ sơ hoàn thuế của Công ty G theo quy định của pháp luật (tài liệu mang nội dung “Mật”). Sau đó Tổng cục T5 đã có Công văn chỉ đạo (tài liệu mang nội dung “Mật”). Tuy nhiên, tại Thông báo kết quả giải quyết nguồn tin về tội phạm số 433/TB-CSKT ngày 27/3/2023, nội dung “Năm 2019, 2020, Công ty TNHH MTV G có mua hàng hóa để xuất khẩu cho các Công ty tại Campuchia, Lào. Thủ tục xuất khẩu được thực hiện theo quy định. Hành vi trên của Công ty G không có dấu hiệu của tội phạm. Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh G đã ban hành Quyết định không khởi tố vụ án hình sự số 13/QĐ-CSKT ngày 27/3/2023”. Như vậy, có căn cứ xác định thực tế Công ty G có giao dịch mua bán hàng hóa với các Công ty nêu trên. [2.1.3]. Thứ hai, quá trình giải quyết vụ án và tại phiên tòa sơ thẩm, người bị kiện cho rằng sau khi nhận được Công văn chỉ đạo từ Tổng cục T5, ngày 01/8/2024 Cục T ban hành 13 Thông báo về việc không hoàn thuế với tổng số tiền 13.039.149.400 đồng, trong đó: chuyển khấu trừ tiếp tổng số tiền 1.330.441.100 đồng; không được khấu trừ tổng số tiền 11.708.708.300 đồng. Lý do không được hoàn thuế Cục Thuế đã nêu rõ trong từng Thông báo về việc không hoàn thuế; tuy nhiên khi được yêu cầu công khai các nội dung làm căn cứ không hoàn thuế cho người khởi kiện thì người bị kiện không cung cấp được. Trong giai đoạn từ năm 2015 đến năm 2020, Công ty G là doanh nghiệp có đủ điều kiện được hoàn thuế GTGT theo quy định pháp luật và được hoàn thuế liên tục cả theo diện “kiểm tra trước, hoàn sau” và “hoàn trước, kiểm tra sau”. Công ty G cũng chưa từng bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc có vi phạm pháp luật về thuế trước khi được xác định là doanh nghiệp có rủi ro cao. Hơn nữa, theo quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 9 “Thuế suất 0%” và Điều 16 “Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu” của Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ T3 hướng dẫn thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Nghị định 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật thuế giá trị gia tăng, thì Công ty G đủ điều kiện hưởng thuế suất 0% và được hoàn thuế.

[2.1.4]. Người bị kiện cho rằng căn cứ kết quả điều tra, xác minh thì Công ty G không đủ điều kiện được hoàn thuế. Tại Biên bản kiểm tra thuế ngày 26/6/2023 của Đoàn Kiểm tra Cục thuế tỉnh G về nội dung kiểm tra trước hoàn thuế GTGT từ tháng 02/2021 đến tháng 10/2021 (bút lục từ 34-41) thể hiện các thông tin rủi ro cần xác minh hồ sơ hoàn thuế, gồm: (1) dấu hiệu rủi ro cao về hoàn thuế; (2) chi phí vận chuyển, các bên không phát sinh chi phí vận chuyển là dấu hiệu rủi ro về tính xác thực có hay không có hàng hóa; (3) thuộc trường hợp phải tăng cường công tác quản lý thuế liên quan đến hoàn thuế GTGT hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền theo chỉ đạo của Bộ T3; (4) số lượng hàng hóa xuất khẩu thông quan Hải quan của Công ty G đi qua luồng xanh, một số ít đi theo luồng vàng và không có đi theo luồng đỏ, vì vậy lượng hàng hóa thông quan xuất khẩu sẽ không được hải quan kiểm hóa 100%. Xét thấy:

(1)- Như nhận định ở trên, Công ty G đủ điều kiện được hoàn thuế GTGT theo quy định pháp luật và được hoàn thuế liên tục cả theo diện “kiểm tra trước, hoàn sau” và “hoàn trước, kiểm tra sau”, doanh nghiệp cũng chưa từng bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế hoặc có vi phạm pháp luật về thuế trước khi được xác định là doanh nghiệp có rủi ro cao;

(2)- Đối với chi phí vận chuyển hàng hóa, người bị kiện cho rằng theo hợp đồng mua hàng của Công ty G với các đối tác thì hầu hết thể hiện điều khoản vận chuyển do bên bán chịu, theo kết quả xác minh thông tin F1 (doanh nghiệp bán hàng cho Công ty G) đã phát sinh trường hợp bên bán hàng cũng không phát sinh chi phí vận chuyển khi bán hàng cho Công ty. Như vậy, việc bên bán hàng và bên mua hàng đều không phát sinh chi phí vận chuyển thì đây là dấu hiệu rủi ro về tính xác thực có hay không có hàng hóa là không có cơ sở, bởi lẽ pháp luật không bắt buộc các bên trong tham gia giao dịch mua bán hàng hóa phải hạch toán riêng chi phí vận chuyển trong hợp đồng vì có trường hợp chi phí vận chuyển được hạch toán chung vào giá cả hàng hóa; chi phí cũng như phương thức giao nhận hàng tại địa chỉ nào sẽ do các bên có quyền tự thỏa thuận, định đoạt. Trong vụ án cụ thể này, các hợp đồng đã ký giữa Công ty G và các nhà cung cấp, điều khoản thể hiện rõ trách nhiệm vận chuyển thuộc về bên bán. Nếu bên bán sử dụng phương tiện của chính họ hoặc bên liên kết không tính phí vận chuyển thì Công ty G không có nghĩa vụ chứng minh chi phí vận chuyển này;

(3)- Người bị kiện cho rằng Công ty G xuất khẩu qua biên giới đất liền trong đó có giao dịch với thương nhân nước ngoài, có mang tiền mặt qua cửa khẩu nộp vào tài khoản vãng lai mở tại ngân hàng T2 để thanh toán hàng hóa nhập khẩu từ Việt Nam nên thuộc trường hợp phải tăng cường công tác quản lý thuế liên quan đến hoàn thuế GTGT hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền theo chỉ đạo của Bộ T3. Tuy nhiên, tài liệu, chứng cứ trong hồ sơ thể hiện Công ty có các tài khoản thanh toán tại Lào và giao dịch chuyển tiền khớp với hợp đồng mua bán, tờ khai Hải Quan và lượng hàng hóa xuất tại cửa khẩu, điều này cơ quan thuế cũng đã thực hiện kiểm tra tại các hồ sơ đề nghị hoàn thuế và không phát hiện có sai phạm lớn trong vấn đề hóa đơn, chứng từ. Đối với Công ty C1 chưa có thanh toàn bằng tài khoản nhưng có giao dịch bằng tiền mặt qua cửa khẩu nộp vào tài khoản vãng lai mở tại Ngân hàng T2 để thanh toán, đuợc làm thủ tục kê khai tại cơ quan Hải Quan và Bộ đội B2; (4)- Việc người bị kiện xác định Công ty G có dấu hiệu rủi ro đối với lượng hàng hóa thực xuất khẩu so với tờ khai hải quan theo nội dung Văn bản số 1460/HQGLKT-NV ngày 05/12/2022 của Cục H - Kon Tum. Tại Kết luận thanh tra số 1226/KL-HQGLKT của Cục H - KonTum ngày 11/10/2022 về việc chấp hành pháp luật hải quan, pháp luật về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu và Biên bản Công bố kết luận thanh tra số 06/BB-TTCN ngày 12/10/2022 của Đoàn Thanh tra Cục H có nêu rõ : …các sai sót, vi phạm trên của Công ty TNHH MTV G là do có sự nhầm lẫn, thiếu cẩn thận, kiểm tra và chủ quan của cán bộ phụ trách làm thủ tục hải quan. Các sai sót, vi phạm trên không vi phạm đến chính sách quản lý của nhà nước, không gây hậu quả, thiệt hại lớn đến kinh tế … và Công ty cần phải nghiêm túc rút kinh nghiệm, liên hệ với Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai để được hướng dẫn khai sửa đổi bổ sung theo quy định. Như vậy, kết luận này cho thấy phía Công ty G không có hành vi gian lận, mà chỉ là lỗi hành chính phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục, hoàn toàn không ảnh hưởng đến tính có thật của hoạt động xuất khẩu và lượng hàng hóa đã xuất đi. Ngày 26/4/2025, Tòa án cấp sơ thẩm đã tạm đình chỉ giải quyết vụ án để thu thập tài liệu, chứng cứ về việc chấp hành pháp luật hải quan của Công ty G; ngày 06/4/2025, Hải quan cửa khẩu quốc tế L1, Hải quan cửa khẩu quốc tế B1 có các văn bản số 39a/HQCKQTLT và số 34/HQCKQTBY, khẳng định: qua kiểm tra, rà soát các hồ sơ xuất nhập khẩu, tra cứu thông tin tại các hệ thống nghiệp vụ hải quan, hệ thống kế toán tập trung, hệ thống quản lý thông tin vi phạm hải quan, tra cứu tình trạng nợ thuế thì trong khoảng thời gian từ tháng 02/2021 đến tháng 04/2022, Công ty G tốt pháp luật hải quan, pháp luật thuế, chấp hành pháp luật trong hoạt động xuất nhập khẩu; không nợ lệ phí hải quan, không nợ thuế quá hạn hoặc nợ chậm nộp thuế. Do vậy, việc Cục T tỉnh dẫn chiếu văn bản 1460/HQGLKT-NV để đánh giá đây là “dấu hiệu rủi ro” của Công ty là thiếu cơ sở pháp lý và không phù hợp với chính kết luận của cơ quan hải quan, là đơn vị có thẩm quyền trực tiếp kiểm tra, giám sát quá trình xuất khẩu hàng hóa như viện dẫn ở trên.

Từ những nhận định trên, xét thấy việc Cục Thuế tỉnh G ban hành Thông báo số 1844/TB-CTGLA-KG về việc giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT và các Thông báo không hoàn thuế cùng ngày 01/8/2024 là ảnh hưởng nghiêm trọng đến quyền và lợi ích hợp pháp của người khởi kiện. Do đó, Tòa án cấp sơ thẩm tuyên chấp nhận yêu cầu khởi kiện, hủy các Thông báo này và buộc người bị kiện thực hiện nhiệm vụ công vụ xem xét hoàn thuế GTGT cho Công ty G theo quy định của pháp luật về thuế là có căn cứ.

[2]. Đối với yêu cầu khởi kiện của Công ty G buộc Cục Thuế tỉnh G hoàn trả phần tiền lãi chậm trả, thấy rằng:

Theo quy định tại khoản 3 Điều 75 Luật Quản lý thuế năm 2019 thì trường hợp cơ quan quản lý thuế có lỗi trong việc chậm ban hành quyết định hoàn thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn trả, cơ quan quản lý thuế còn phải trả tiền lãi với mức 0.03%/ngày tính trên số tiền phải hoàn trả và số ngày chậm hoàn trả. Tuy nhiên, trong vụ án này, sau khi tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế từ doanh nghiệp, người bị kiện xác định hồ sơ hoàn thuế có dấu hiệu rủi ro cao về hoàn thuế GTGT, thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định tại điểm d khoản 2 Điều 73 Luật Quản lý thuế 2019 nên tiến hành các biện pháp nghiệp vụ để kiểm tra, xác minh đối với Công ty G Tín và khi nhận được kết quả của các cơ quan hữu quan, người bị kiện đã ban hành các Thông báo không hoàn thuế đối với Công ty G; như vậy trong trường hợp này, Cục Thuế tỉnh G xác định Công ty G không đủ điều kiện hoàn thuế mà không phải xác định thuộc trường hợp được hoàn thuế nhưng chậm ban hành quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế nên không thuộc trường hợp được tính lãi đối với số tiền thuế chậm hoàn trả. Hơn nữa, khoản 3 Điều 75 của Luật quản lý thuế năm 2019 hiện đã bị bãi bỏ bởi khoản 13 Điều 6 của Luật số 56/2024/QH15 ngày 29 tháng 11 năm 2024 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Chứng khoán, Luật Kế toán, Luật Kiểm toán độc lập, Luật Ngân sách nhà nước, Luật Quản lý, sử dụng tài sản công, Luật Quản lý thuế, Luật Thuế thu nhập cá nhân, Luật Dự trữ quốc gia, Luật Xử lý vi phạm hành chính. Do đó, Tòa án cấp sơ thẩm tuyên bác yêu cầu của Công ty G về tính tiền lãi là có cơ sở.

[3]. Đối với yêu cầu buộc Cục Thuế tỉnh G phải bồi thường thiệt hại đối với việc ra quyết định đối với 13 Thông báo số 5753, 5754, 5755, 5756, 5757, 5758, 5759, 5760, 5761, 5763, 5764, 5765, 5766/TB-CTGLA-KĐT cùng ngày 01/8/2024 về việc không được hoàn thuế của Cục Thuế tỉnh G đối với Công ty TNHH MTV G tạm tính đến ngày 28/10/2024 với số tiền thiệt hại là 2.134.814.978 đồng, thấy rằng: Qua kiểm tra của Cục T, do Công ty G có một số dấu hiệu rủi ro như khối lượng xuất khẩu không khớp với tờ khai hải quan, thiếu chứng từ vận chuyển, cần thiết phải xác minh thông tin từ cơ quan thuế nước ngoài, nên Cục Thuế tỉnh G tiến hành xác minh là đúng quy định của pháp luật, là biện pháp quản lý phù hợp nhằm ngăn ngừa gian lận thuế, đây không phải là hành vi vi phạm pháp luật hành chính. Các thiệt hại mà Công ty G liệt kê như tiền gốc, lãi vay của ông Nguyễn Đức B, lãi suất quá hạn từ hợp đồng vay vốn cá nhân và ngân hàng, án phí dân sự đều là hậu quả từ hoạt động kinh doanh và quan hệ tài chính độc lập giữa phía Công ty với bên thứ ba. Những thiệt hại này không phải là hậu quả trực tiếp, tất yếu từ các quyết định hành chính, hành vi hành chính bị khiếu kiện. Mối quan hệ nhân quả giữa quyết định hành chính, hành vi hành chính bị khiếu kiện và thiệt hại là gián tiếp, không rõ ràng, không đáp ứng điều kiện về yếu tố thiệt hại trực tiếp theo khoản 1 Điều 7 Luật Tố tụng hành chính năm 2015 và Điều 7 Luật Trách nhiệm bồi thường của Nhà nước nên Tòa án cấp sơ thẩm bác yêu cầu này của người khởi kiện là có căn cứ.

[4]. Từ các nhận định trên, Hội đồng xét xử thấy bản án sơ thẩm đã xem xét đầy đủ các tài liệu chứng cứ để chấp nhận một phần yêu cầu khởi kiện của Công ty G, hủy Thông báo số 1844/TB-CTGLA-KG ngày 01/8/2024 của Cục Thuế tỉnh G thông báo về việc giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT và hủy các Thông báo số 5753/TB-CTGLA-KĐT, 5754/TB-CTGLA-KĐT, 5755/TB-CTGLA-KĐT, 5756/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5757/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5758/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5759/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5760/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5761/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5763/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5764/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5765/TB-CTGLA-KĐT, Thông báo số 5766/TB-CTGLA-KĐT cùng ngày 01/8/2024 của Cục Thuế tỉnh G về việc không được hoàn thuế; buộc Cục Thuế tỉnh G (nay là Chi cục Thuế khu vực X) thực hiện nhiệm vụ, công vụ xem xét, hoàn thuế GTGT cho Công ty G theo quy định, là có căn cứ, đúng pháp luật.

Như vậy, kháng cáo của người khởi kiện Công ty G, người bị kiện Cục Thuế tỉnh G (người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng là Thuế tỉnh Gia Lai) đã được Hội đồng xét xử xem xét nhưng không có cơ sở để chấp nhận, quan điểm của Viện Công tố và Kiểm sát xét xử phúc thẩm tại Đà Nẵng phù hợp với nhận định của Hội đồng xét xử phúc thẩm nên được chấp nhận, Hội đồng xét xử giữ nguyên quyết định của bản án sơ thẩm.

[5]. Về án phí hành chính phúc thẩm: do kháng cáo của các đương sự không được chấp nhận nên người khởi kiện Công ty G, người bị kiện Cục Thuế tỉnh G (người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng là Thuế tỉnh Gia Lai) phải chịu theo quy định.

[6]. Quyết định của bản án sơ thẩm về phần án phí không có kháng cáo, không bị kháng nghị, có hiệu lực pháp luật kể từ ngày hết thời hạn kháng cáo, kháng nghị.

Vì các lẽ trên;

QUYẾT ĐỊNH

1. Căn cứ khoản 1 Điều 241 của Luật Tố tụng hành chính.

Bác kháng cáo của người khởi kiện Công ty TNHH MTV G và kháng cáo của người bị kiện Cục Thuế tỉnh G (người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng là Thuế tỉnh Gia Lai). Giữ nguyên quyết định của Bản án hành chính sơ thẩm số 06/2025/HC-ST ngày 28/5/2025 của Tòa án nhân dân tỉnh Gia Lai.

2. Về án phí hành chính phúc thẩm: căn cứ Điều 349 của Luật Tố tụng hành chính; áp dụng khoản 1 Điều 34 Nghị quyết 326/2016/UBTVQH14 ngày 30/12/2016 của Ủy ban thường vụ Quốc hội về mức thu, miễn, giảm, thu, nộp, quản lý và sử dụng án phí và lệ phí Tòa án;

- Công ty TNHH MTV G phải nộp 300.000 (ba trăm nghìn) đồng nhưng được khấu trừ vào số tiền 300.000 (ba trăm nghìn) đồng đã nộp theo Biên lai thu số 0000247 ngày 10/6/2025 của Cục Thi hành án dân sự tỉnh Gia Lai (nay là Thi hành án dân sự tỉnh Gia Lai), Công ty TNHH MTV G đã nộp đủ án phí phúc thẩm.

- Cục Thuế tỉnh G (người kế thừa quyền và nghĩa vụ tố tụng là Thuế tỉnh Gia Lai) phải nộp 300.000 (ba trăm nghìn) đồng nhưng được khấu trừ vào số tiền 300.000 (ba trăm nghìn) đồng đã nộp theo Biên lai thu số 0000253 ngày 18/6/2025 của Cục Thi hành án dân sự tỉnh Gia Lai (nay là Thi hành án dân sự tỉnh G). Thuế tỉnh Gia Lai đã nộp đủ án phí phúc thẩm.

3. Quyết định của bản án sơ thẩm về phần án phí không có kháng cáo, không bị kháng nghị, có hiệu lực pháp luật kể từ ngày hết thời hạn kháng cáo, kháng nghị.

Bản án phúc thẩm có hiệu lực pháp luật kể từ ngày tuyên án.