Kính gửi: Cục Hải quan các tỉnh, thành phố.

Bộ Tài chính nhận được công văn báo cáo vướng mắc của hải quan địa phương trong quá trình thực hiện việc quản lý, thu nộp lệ phí trên chương trình hải quan điện tử. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

1. Về việc áp dụng thời hạn ân hạn thuế và quản lý rủi ro trong việc kiểm tra hải quan.

Căn cứ quy định tại Điều 92 Luật quản lý thuế số 78/2006/QH12; Khoản 5 Điều 3 Thông tư 194/2010/TT-BTC ngày 6/12/2010 của Bộ Tài chính, thì: người nộp thuế chấp hành tốt pháp luật về hải quan và không còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền phạt tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan (không tính đến việc nợ lệ phí hải quan). Do đó, yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố kiểm tra trường hợp doanh nghiệp chỉ nợ lệ phí hải quan thì không thực hiện biện pháp cưỡng chế dừng làm thủ tục hải quan và được áp dụng thời hạn nộp thuế nếu đáp ứng quy định tại khoản 11 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và khoản 5 Điều 3; Điều 18 Thông tư 194/2010/TT-BTC ngày 6/12/2010 đồng thời được xem là doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật hải quan trong việc áp dụng quản lý rủi ro đối với việc kiểm tra hải quan.

2. Việc áp dụng hình thức nộp lệ phí.

Căn cứ điểm d, khoản 1 Điều 4 Nghị định 87/2012/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều của Luật Hải quan về thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thương mại, thì người khai hải quan điện tử: "Được lựa chọn hình thức nộp lệ phí hải quan và các loại phí do cơ quan Hải quan thu hộ các hiệp hội, tổ chức (nếu có) cho từng tờ khai hải quan hoặc nộp gộp theo tháng". Theo đó, việc nộp lệ phí hải quan đối với trường hợp người khai hải quan thực hiện thủ tục hải quan điện tử được thực hiện như sau:

2.1. Trường hợp người khai hải quan chọn thực hiện nộp lệ phí theo tháng:

- Người khai hải quan phải đăng ký trước với cơ quan hải quan hình thức nộp lệ phí theo tháng.

- Việc thu, nộp lệ phí thực hiện theo quy định tại Điểm 5 biểu mức thu lệ phí trong lĩnh vực hải quan Thông tư 172/2010/TT-BTC ngày 02/11/2010 của Bộ Tài chính.

2.2. Trường hợp người khai hải quan không thực hiện hình thức nộp lệ phí theo tháng (chỉ áp dụng đối với các doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu không thường xuyên): cán bộ hải quan in thông báo lệ phí hải quan theo từng lần để người khai hải quan nộp theo từng lần phát sinh. Việc quản lý, theo dõi nợ lệ phí (nếu phát sinh) được thực hiện trên hệ thống KTT559.

3. Việc thanh khoản tem lệ phí trên hệ thống kế toán theo dõi nợ của cơ quan Hải quan.

Căn cứ Thông tư 32/2006/TT-BTC ngày 10/4/2006 của Bộ Tài chính hướng dẫn nghiệp vụ kế toán thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, Thông tư 121/2007/TT-BTC ngày 17/10/2007 của Bộ Tài chính về sửa đổi, bổ sung Thông tư 32/2006/TT-BTC ngày 10/04/2006 hướng dẫn việc thanh khoản, hạch toán tem lệ phí trên hệ thống kế toán theo dõi nợ của cơ quan hải quan.

Yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố lập sổ ghi nhận đầy đủ các series tem lệ phí sử dụng theo hình thức dán tem lệ phí trên tờ khai điện tử, lập chứng từ ghi sổ lệ phí hải quan và hạch toán số lệ phí đã nộp bằng tem.

4. Trường hợp người khai hải quan còn tem lệ phí nhưng không sử dụng và đề nghị trả lại.

Trường hợp người khai hải quan mua tem lệ phí hải quan (tại phòng Tài vụ - quản trị/hoặc Chi cục Hải quan) và được hạch toán vào chương trình quản lý ấn chỉ (Imas), nhưng không sử dụng hết tem lệ phí và đề nghị trả lại, thì thực hiện hoàn trả tại phòng Tài vụ - quản trị (Cục Hải quan địa phương) hoặc Chi cục Hải quan do doanh nghiệp lựa chọn.

5. Trường hợp người khai Hải quan còn tem lệ phí nhưng chuyển sang đăng ký nộp lệ phí hải quan theo tháng.

- Người khai hải quan phải đăng ký trước với cơ quan hải quan hình thức nộp lệ phí theo tháng.

- Trong thời gian 10 ngày đầu của tháng tiếp theo, người khai hải quan nộp lại số tem lệ phí tương ứng với số tờ khai mở trong tháng, cán bộ hải quan ghi nhận số series tem và hạch toán trên hệ thống theo dõi nợ thuế KT559.

Bộ Tài chính có ý kiến để Cục Hải quan các tỉnh, thành phố biết và thực hiện.