Kính gửi: Cục Thuế thành phố Hải Phòng.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 3290/CTHPH-NVDTPC ngày 14/12/2021 của Cục Thuế thành phố Hải Phòng về áp dụng phương pháp ấn định thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với Công ty CP Thương mại Xi măng Phúc Sơn (gọi tắt là Công ty Phúc Sơn) và Công ty CP Thương mại Tân Hoàng An (gọi tắt là Công ty Tân Hoàng An). Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Đối với trữ lượng khoáng sản khai thác vượt mức cho phép (dưới cốt cho phép).

a) Tại Điểm b Khoản 8 Điều 36 Nghị định số 33/2017/NĐ-CP ngày 03/4/2017 của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực tài nguyên nước và khoáng sản quy định vi phạm các quy định về khu vực khai thác khoáng sản:

“8. Biện pháp khắc phục hậu quả:

…

b) Buộc nộp lại số lợi bất hợp pháp có được do thực hiện vi phạm hành chính đối với hành vi vi phạm quy định tại các khoản 3, 4, 5 và khoản 6 Điều này”.

b) Tại Điểm b Khoản 10 Điều 37 Nghị định số 36/2020/NĐ-CP ngày 24/3/2020 của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực tài nguyên nước và khoáng sản quy định vi phạm các quy định về khu vực khai thác khoáng sản:

“10. Biện pháp khắc phục hậu quả:

b) Buộc phải nộp lại số lợi bất hợp pháp trong lĩnh vực khoáng sản do thực hiện vi phạm hành chính đối với hành vi vi phạm quy định tại các khoản 3, 4, 5, 6, 7 và khoản 8 Điều này;”.

Căn cứ các quy định nêu trên, đối với khối lượng khoáng sản khai thác vượt mức cho phép phải được xử lý theo quy định pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực tài nguyên nước và khoáng sản. Trường hợp cơ quan chức năng yêu cầu doanh nghiệp nộp lại toàn bộ số lợi bất hợp pháp có được do thực hiện vi phạm hành chính thì việc tính thuế GTGT, TNDN đối với số doanh thu (số lợi bất hợp pháp này) là không phù hợp. Do đó, đề nghị Cục Thuế thành phố Hải Phòng phối hợp với cơ quan điều tra, cơ quan chức năng có thẩm quyền để xác định chính xác hành vi vi phạm, đề xuất phương án xử lý vi phạm đối với số lượng khoáng sản đã khai thác trái pháp luật này.

2. Đối với trữ lượng khoáng sản khai thác trong phạm vi Giấy phép nhưng doanh nghiệp không khai, nộp thuế.

a) Về thuế GTGT

- Căn cứ quy định tại Luật thuế GTGT số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013;

- Căn cứ quy định tại Điều 10 Văn bản hợp nhất số 01/VBHN-VPQH năm 2016 hợp nhất thuế GTGT.

Trường hợp nếu Công ty Phúc Sơn và Công ty Tân Hoàng An đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì việc xác định số thuế phải nộp phải thực hiện theo nguyên tắc số thuế GTGT phải nộp bằng số thuế GTGT đầu ra trừ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, việc không có thuế GTGT đầu vào hoặc thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ không ảnh hưởng tới việc áp dụng nguyên tắc xác định số thuế GTGT phải nộp nêu trên.

b) Về thuế TNDN

Trường hợp căn cứ vào Kết luận giám định tư pháp của Bộ Tài nguyên và Môi trường, công văn số 1964/DCKS-VP ngày 28/7/2020 của Tổng cục địa chất Khoáng sản Việt Nam-Bộ Tài nguyên và Môi trường, Cục Thuế TP. Hải Phòng xác định được doanh thu của sản lượng khoáng sản khai thác/tiêu thụ nhưng không khai thuế thì việc xác định số thuế TNDN phải nộp được xác định theo phương pháp doanh thu trừ (-) chi phí theo nguyên tắc quy định tại Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính.

c) Ngoài các loại thuế GTGT và thuế TNDN, doanh nghiệp khai thác khoáng sản sản nộp tiền cấp quyền khai thác khoáng sản, thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường.

Do đó, đề nghị Cục Thuế rà soát toàn bộ các loại thuế, phí liên quan đối với số lượng khoáng sản khai thác theo Giấy phép nhưng chưa kê khai nộp thuế, phí; phối hợp với cơ quan điều tra để xác định số thuế, phí doanh nghiệp chưa nộp.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế thành phố Hải Phòng biết./.