Kính gửi: Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa.

Bộ Tài chính nhận được công văn số 677/UBND ngày 16/02/2011 của Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa về việc xử lý thuế GTGT đối với các gói thầu thuộc Dự án Y tế Nông thôn. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Tại điểm 2.2.2 Mục III Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 03/5/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện chính sách thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) quy định:

“2.2.2. Chủ dự án ODA vay ưu đãi được Ngân sách Nhà nước cấp phát toàn bộ, hoặc chủ dự án ODA được Ngân sách Nhà nước cấp phát một phần và một phần cho vay lại, được phê duyệt trước ngày 29/5/2001 (là ngày Nghị định số 17/2001/NĐ-CP có hiệu lực thi hành) được hoàn lại số thuế GTGT đã trả khi mua hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT để thực hiện dự án ODA như hướng dẫn tại điểm 3, Mục IV, Thông tư này.

Trường hợp chủ dự án ODA giao thầu cho các nhà thầu chính (không phân biệt nhà thầu chính là đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ hay phương pháp trực tiếp) thực hiện xây lắp công trình, cung cấp hàng hoá, dịch vụ cho dự án ODA theo giá không có thuế GTGT thì nhà thầu chính không tính thuế GTGT đầu ra khi lập hoá đơn thanh toán với chủ dự án nhưng được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ mua vào dùng để xây dựng công trình hoặc sản xuất hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, cung cấp theo hợp đồng ký với chủ dự án ODA như hướng dẫn tại điểm 3, Mục IV, Thông tư này”.

Tại Điểm 2 công văn số 7711 TC/TCT ngày 13/7/2004 của Bộ Tài chính về việc tăng cường quản lý thuế và quản lý tài chính đối với dự án sử dụng vốn ODA quy định:

“2. l. Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại và dự án ODA vay ưu đãi được NSNN cấp phát, chủ dự án phải xác định đúng đối tượng được hoàn thuế GTGT và đối tượng nộp thuế GTGT trên cơ sở hợp đồng đã được phê duyệt, cụ thể: nếu hợp đồng đã ký và được phê duyệt bao gồm số thuế GTGT và chủ dự án không được cấp vốn để trả thuế GTGT thì chủ dự án thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT, nhà thầu chính nộp thuế GTGT theo quy định hiện hành; nếu hợp đồng đã ký vả phê duyệt không bao gồm thuế GTGT thì chủ dự án không phải trả thuế GTGT và nhà thầu chính thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT.

2.5. Trường hợp chủ dự án đã được cấp vốn đối ứng để trả thuế GTGT thì chủ dự án không được hoàn thuế GTGT. Trường hợp đã được cấp vốn đối ứng để trả thuế GTGT nhưng đã làm thủ tục và đã được hoàn thuế GTGT thì chủ dự án phải nộp lại NSNN số thuế GTGT đã được hoàn theo hướng dẫn tại Thông tư số 42/2001/TT-BTC ngày 12/6/2001 của Bộ Tài chính. Cơ quan thuế khi kiểm tra xác định số thuế GTGT được hoàn của chủ dự án phải kiểm tra việc NSNN cấp vốn cho chủ dự án căn cứ theo Xác nhận của Kho bạc Nhà nước”.

Dự án Y tế Nông thôn (được phê duyệt theo Quyết định số 664/QĐ-TTg ngày 30/5/2001 của Thủ tướng Chính phủ và Quyết định số 1336/QĐ-BYT ngày 14/4/2004 của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc điều chỉnh dự án) là dự án ODA vay ưu đãi, được ngân sách nhà nước cấp phát toàn bộ và dự án được cấp vốn đối ứng để trả thuế.

Tại Điều 1 Quyết định số 1936/QĐ-UBND ngày 30/9/2005 và Điều l Quyết định số 1283/QĐ-UBND ngày 23/7/2007 của Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa quy định giá thầu gói thầu xây lắp số 6-KH6 (Bệnh viện Đa khoa khu vực Ninh Hòa) và gói thầu KH 7A (Trung tâm Y tế Khánh Vĩnh) thuộc dự án Y tế Nông thôn là giá đã có thuế GTGT.

Căn cứ các nội dung trên, trường hợp Dự án Y tế Nông thôn là dự án ODA vay ưu đãi, được ngân sách nhà nước cấp phát toàn bộ và chủ dự án được cấp vốn đối ứng để trả thuế GTGT thì chủ dự án không được hoàn thuế GTGT; Công ty Cổ phần Xây lắp và Vật liệu xây dựng Khánh Hòa, là nhà thầu chính thi công 02 công trình thuộc dự án Y tế Nông thôn, bao gồm: Bệnh viện Ninh Hòa (gói thầu KH6) và Trung tâm Y tế huyện Khánh Vĩnh (gói thầu KH7A), nộp thuế GTGT theo quy định của Luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Việc Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa kiến nghị không truy thu thuế GTGT đối với nhà thầu thực hiện gói thầu thuộc Dự án Y tế Nông thôn là không có căn cứ để giải quyết.

Bộ Tài chính trả lời để Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa được biết và đề nghị Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa chỉ đạo Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa và người nộp thuế thực hiện theo quy định./.