Trả công văn số 53647/CT-HTr ngày 14/08/2015 của Cục thuế TP. Hà Nội về việc hướng dẫn kê khai, nộp thuế GTGT đối với hoạt động thu phí Quốc lộ 18 tại tỉnh Quảng Ninh của Công ty Cổ phần BOT Đại Dương, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ, Điểm c, đ Khoản 1 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về khai thuế giá trị gia tăng quy định:

“c) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.

Đối với trường hợp người nộp thuế có dự án kinh doanh bất động sản ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính, có thành lập đơn vị trực thuộc (chi nhánh, Ban quản lý dự án...) thì người nộp thuế phải thực hiện đăng ký thuế và nộp thuế theo phương pháp khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh bất động sản với cơ quan thuế địa phương nơi phát sinh hoạt động kinh doanh bất động sản.

đ) Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh không thuộc trường hợp quy định tại Điểm c Khoản 1 Điều này, mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.

Căn cứ tình hình thực tế trên địa bàn quản lý, giao Cục trưởng Cục Thuế địa phương quyết định về nơi kê khai thuế đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh và chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh.”

Công văn số 12087/BTC-TCT ngày 01/9/2015 của Bộ Tài chính gửi Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Lào Cai về việc giải quyết kiến nghị cử tri tại kỳ họp thứ 9 Quốc hội khóa XIII liên quan đến kê khai, nộp thuế GTGT của hoạt động thu phí trên tuyến đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai.

Công văn số 3746/TCT-KK ngày 26/10/2012 của Tổng cục Thuế về kê khai, nộp thuế GTGT vãng lai ngoại tỉnh.

Trường hợp Công ty CP BOT Đại Dương có Quyết định số 06A/QĐ-HĐQT ngày 18/10/2014 về việc giao quyền tổ chức, quản lý, Điều hành Trạm thu phí Đại Yên cho Chi nhánh Công ty CP BOT Đại Dương tại Quảng Ninh kể từ ngày 19/10/2014 thì Chi nhánh Công ty CP BOT Đại Dương tại Quảng Ninh thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT tại Quảng Ninh cho hoạt động thu phí Quốc lộ 18 đoạn qua tỉnh Quảng Ninh (Trạm thu phí Đại Yên).

Từ tháng 10/2014 đến nay, Chi nhánh Công ty CP BOT Đại Dương tại Quảng Ninh đang kê khai trên tờ khai 01/GTGT với phát sinh = 0, trong khi Công ty CP BOT Đại Dương kê khai, nộp thuế GTGT vãng lai tại Quảng Ninh đối với phát sinh của hoạt động thu phí tại trạm thu phí Đại Yên, đồng thời kê khai bù trừ với số thuế GTGT phải nộp trên chỉ tiêu [39]- “Thuế GTGT đã nộp ở địa phương khác của hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng, bất động sản ngoại tỉnh” trên tờ khai 01/GTGT phát sinh tại trụ sở chính (Chi cục thuế Long Biên - Hà Nội) là không đúng quy định, thì thực hiện xử lý như sau:

Giao Cục Thuế TP.Hà Nội phối hợp với Cục Thuế tỉnh Quảng Ninh hướng dẫn Công ty CP BOT Đại Dương và Chi nhánh Công ty CP BOT Đại Dương tại Quảng Ninh xác định lại số thuế GTGT đầu ra, đầu vào phát sinh của hoạt động thu phí tại Trạm thu phí Đại Yên từ tháng 10/2014 đến nay. Để giảm thủ tục hành chính, sau khi xác định chính xác số thuế GTGT phát sinh của hoạt động thu phí tại Trạm thu phí Đại Yên thì hướng dẫn đơn vị thực hiện như sau:

- Công ty CP BOT Đại Dương thực hiện kê khai giảm số thuế GTGT đã kê khai khấu trừ tại chỉ tiêu [39]- “Thuế GTGT đã nộp ở địa phương khác của hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng, bất động sản ngoại tỉnh” trên tờ khai 01/GTGT của các kỳ đã kê khai vào chỉ tiêu [37] “Điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước” trên tờ khai 01/GTGT của kỳ hiện tại.

- Đồng thời, chi nhánh Công ty CP BOT Đại Dương kê khai thuế GTGT phát sinh của Trạm thu phí Đại Yên từ tháng 10/2014 đến nay tại Quảng Ninh, trường hợp phát sinh tăng số thuế phải nộp so với số thuế GTGT vãng lai Công ty CP BOT Đại Dương đã nộp tại Quảng Ninh thì thực hiện nộp bổ sung số thuế tăng thêm và tính tiền chậm nộp. Nếu phát sinh số thuế nộp thừa thì thực hiện bù trừ với số thuế phải nộp của các kỳ tiếp theo hoặc đề nghị hoàn theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế biết, hướng dẫn Doanh nghiệp thực hiện./.