Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Ninh Bình

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 2021/CT-KTT1 ngày 28/6/2018 của Cục Thuế tỉnh Ninh Bình về việc hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều về thuế GTGT quy định như sau:

“6. Điều 12 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“Điều 12. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

a) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất;

…

2. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau:

a) Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu;

b) Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ hàng hóa, dịch vụ mua từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng;

c) Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản này còn phải có: hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung ứng dịch vụ; hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu.

Việc thanh toán tiền hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu dưới hình thức thanh toán bù trừ giữa hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu với hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu, trả nợ thay Nhà nước được coi là thanh toán không dùng tiền mặt.”

Tại Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung Điều 13 Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số Điều theo Luật số 31/2013/QH13 quy định:

“3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

a) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không đảm bảo duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động.

…””

Tại điểm 2(a) Khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung Điều 10 Nghị định 209/2013/NĐ-CP như sau:

“Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:

a) Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.”

Tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:

“2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

…”

Căn cứ hướng dẫn tại Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014, Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 và Thông tư số 173/2016/TT-BTC ngày 28/10/2016 của Bộ Tài chính) về nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Căn cứ các quy định, hướng dẫn nêu trên, trường hợp cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư, trong giai đoạn đầu tư cơ sở kinh doanh có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ dự án đầu tư, nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư nêu trên đáp ứng điều kiện về khấu trừ thuế GTGT theo quy định và dự án đầu tư theo đúng quy định của pháp luật về đầu tư thì Cơ quan thuế xử lý hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư cho cơ sở kinh doanh theo quy định tại Luật 106/2016/QH13, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/07/2016 của Chính phủ và hướng dẫn tại Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính.

Trường hợp, Kiểm toán Nhà nước có kiến nghị xử lý về thuế đối với doanh nghiệp thì đề nghị Cục Thuế tỉnh Ninh Bình thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính tại công văn số 13479/BTC-TCT ngày 23/9/2009 gửi Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (bản photo công văn kèm theo).

Tổng cục Thuế có ý kiến để Cục Thuế tỉnh Ninh Bình được biết./.