Trả lời công văn số 109/KTTV ngày 23 tháng 6 năm 2003 và công văn số 110/KTTV ngày 24 tháng 6 năm 003 của Công ty cổ phần đại lý liên hiệp vận chuyển về việc giải đáp chính sách thuế, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Đối với các trường hợp thu hộ:

- Trường hợp thu hộ cước vận chuyển: Khi Công ty thay mặt cho hãng tàu nước ngoài thu tiền cước vận chuyển và doanh thu hàng hoá, dịch vụ cung ứng trực tiếp cho vận tải quốc tế Công ty lập hoá đơn GTGT, trên hoá đơn chỉ ghi giá thanh toán, dòng thuế suất thuế GTGT và thuế GTGT bỏ trống. Công ty có trách nhiệm khấu từ và nộp thay hãng tàu vào Ngân sách tiền thuế cước theo quy định tại Thông tư số 16/1999/TT-BTC ngày 4 tháng 2 năm 1999 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện thế cước đối với hoạt động kinh doanh vận chuyển hàng hoá bằng tàu biển của các hãng vận tải nước ngoài vào Việt Nam khai thác vận tải.

- Trường hợp các hãng tàu biển nước ngoài có các Khoản doanh thu khác phát sinh tại Việt Nam ngoài doanh thu hàng hoá, dịch vụ cung ứng trực tiếp cho vận tải quốc tế và tiền cước vận chuyển thì các hãng tàu phải nộp thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Thông tư số 169/1998/TT-BTC ngày 22 tháng 12 năm 1998 của Bộ Tài chính. Do các hãng tàu biển nước ngoài là các đơn vị không thực hiện chế độ kế toán Việt Nam nên việc tính nộp thuế của các hãng tàu được thực hiện theo quy định tại Mục C Thông tư số 169/1999/TT-BTC ngày 1 tháng 2 năm 1999. Công ty cổ phần đại lý liên hiệp vận chuyển có trách nhiệm kê khai, khấu từ và nộp tiền thuế trước khi trả thu nhập cho hãng tàu. Khi thu hộ các Khoản doanh thu trên Công ty xuất hoá đơn GTGT dòng thuế suất thuế GTGT và thuế GTGT ghi theo hướng dẫn tại quy định tại Mục C Thông tư số 169/1999/TT-BTC nêu trên.

2. Do các hãng tàu nước ngoài tính nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng vì vậy các hãng tàu không được khấu từ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Cục thuế thành phố Hồ Chí Minh hướng dẫn Công ty thực hiện xuất hoá đơn, khấu từ và nộp thay hãng tàu nước ngoài các Khoản thuế phải nộp cho Ngân sách Nhà nước theo hướng dẫn nêu trên.