Trả lời công văn số 10/12/LIDA ngày 05/07/2012 của Công ty TNHH LiDa PiPe Việt Nam về việc khấu trừ thuế GTGT đối với chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu kê khai chậm, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ, điểm 1.2.c Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008

Khoản 5 Điều 9 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn khai bổ sung hồ sơ khai thuế: “Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.”

Khoản 7 Điều 14 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn: “Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.

a) Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ còn sót hóa đơn chưa kê khai, khấu trừ thì được kê khai, khấu trừ bổ sung; thời gian để kê khai, khấu trừ bổ sung tối đa là 6 (sáu) tháng, kể từ tháng phát sinh hóa đơn bỏ sót, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm b khoản này.

...

b) Trường hợp cơ sở kinh doanh kê khai sót về số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (kể cả số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu có chứng từ nộp thuế trước ngày 01/3/2012), số thuế GTGT đầu vào đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động thì được kê khai, khấu trừ bổ sung theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Trường hợp Công ty TNHH LiDa PiPe Việt Nam phát sinh chứng từ nộp thuế GTGT nhập khẩu là tháng 02/2011 đơn vị kê khai vào tháng 09/2011 là quá hạn 06 tháng để kê khai bổ sung (đây là thời điểm Thông tư 129/2008/TT-BTC có hiệu lực), vì vậy Cục Thuế tỉnh Long An thông báo chứng từ nộp thuế GTGT này đã quá hạn để kê khai, khấu trừ là đúng quy định.

Để tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp ngày 27/12/2011 Chính phủ đã ban hành Nghị định số 121/2011/NĐ-CP và ngày 11/01/2012 Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 06/2012/TT-BTC hướng dẫn nghị định số 121/2011/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/03/2012 quy định “b) Trường hợp cơ sở kinh doanh kê khai sót về số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (kể cả số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu có chứng từ nộp thuế trước ngày 01/3/2012), số thuế GTGT đầu vào đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động thì được kê khai, khấu trừ bổ sung theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.”

Như vậy, chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu của Công ty TNHH LiDa PiPe Việt Nam bị bỏ sót được kê khai bổ sung không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty TNHH LiDa PiPe Việt Nam biết và liên hệ với Cục thuế địa phương để được hướng dẫn thực hiện./.