Trả lời công văn 24.9/CV-HT ngày 24/9/2007 của Công ty TNHH Vĩnh Cửu (địa chỉ: Tổ 26 Khuê Trung, Đà Nẵng) về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT), Tổng cục thuế có ý kiến như sau:

Theo hướng dẫn tại Điểm 2, Mục II, Phần C Thông tư 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 hướng dẫn thi hành Nghị định số 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, thì đối với công ty có các cơ sở trực thuộc, việc kê khai thuế GTGT phải nộp thực hiện như sau: "Các cơ sở hạch toán độc lập và các cơ sở hạch toán phụ thuộc như Công ty, xí nghiệp, nhà máy, chi nhánh, cửa hàng có tư cách pháp nhân không đầy đủ, có con dấu và tài khoản tại ngân hàng trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, phát sinh doanh thu phải kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi cơ sở kinh doanh đóng trụ sở"; "Cơ sở kinh doanh khi chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu có bán tài sản là hàng hóa chịu thuế GTGT phải tính, kê khai, nộp thuế GTGT. Khi bán hàng hóa cơ sở phải lập hóa đơn theo quy định và kê khai, nộp thuế GTGT".

Theo báo cáo của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh (tại Công văn số 2314/CT-PC ngày 07/3/2008) thì Công ty TNHH Vĩnh Cửu (đơn vị chủ quản của Chi nhánh) đã thực hiện kê khai, nộp số thuế GTGT đầu ra phát sinh do bán thanh lý tài sản cố định của Chi nhánh trong tháng 5/2006 tại Cục Thuế thành phố Đà Nẵng (nơi Công ty đóng trụ sở). Do vậy, Tổng Cục Thuế đề nghị Cục Thuế thành phố Đà Nẵng, trên cơ sở phối hợp với Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh, thực hiện xem xét khấu trừ số thuế GTGT phát sinh do đầu tư xây dựng cơ bản, mua sắm máy móc, thiết bị tạo lập tài sản cố định của Chi nhánh mà Chi nhánh đã thực tế kê khai tại Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh vào số thuế GTGT phải nộp của Công ty TNHH Vĩnh Cửu.

Trường hợp này, nếu Công ty TNHH Vĩnh Cửu thực hiện kê khai khấu trừ thuế đối với các hóa đơn có liên quan chậm quá thời hạn 3 tháng kể từ thời điểm kê khai của tháng phát sinh thì Cục Thuế thành phố Đà Nẵng thực hiện theo hướng dẫn tại Công văn số 1149/TCT-KK ngày 19/3/2008 của Tổng cục Thuế "về việc hóa đơn GTGT kê khai thuế chậm quá 3 tháng".

Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh có trách nhiệm kiểm tra và chuyển thuế GTGT chưa khấu trừ, hoàn thuế của Chi nhánh Công ty TNHH Vĩnh Cửu (tại thành phố Hồ Chí Minh) cho Cục Thuế thành phố Đà Nẵng làm căn cứ giải quyết hoàn thuế cho Công ty.

Tổng cục Thuế thông báo để trả lời để Công ty TNHH Vĩnh Cửu, Cục Thuế thành phố Đà Nẵng và Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh biết, thực hiện./.