Kính gửi: Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam.
(Tòa nhà MITEC - Lô E2 Khu đô thị mới Cầu Giấy, Yên Hòa, Cầu Giấy, Hà Nội)

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1392/VEC-TCKT ngày 25/4/2014 và công văn số 1028/VEC-TCKT ngày 31/3/2014 của Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam về việc hoàn thuế GTGT. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại tiết e khoản 1 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế: “e) Trường hợp người nộp thuế có công trình xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh liên quan tới nhiều địa phương như: xây dựng đường giao thông, đường dây tải điện, đường ống dẫn nước, dẫn dầu, dẫn khí,..., không xác định được doanh thu của công trình ở từng địa phương cấp huyện, tỉnh thì người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng của doanh thu xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh chung với hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tại trụ sở chính.”

Tại tiết c khoản 3 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về khai thuế GTGT: “c) Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.

Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.

Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tự tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

…

Ví dụ 28: Doanh nghiệp A có trụ sở tại Hà Nội, năm 2014 có dự án xây dựng nhà máy thép ở Hải Phòng (dự án gồm 3 tổ hợp), dự án đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, doanh nghiệp A lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế Hà Nội - nơi đóng trụ sở chính, và thực hiện hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư tại Hà Nội. Đến năm 2017, Nhà máy thép Hải phòng đã đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế có tổ hợp thứ nhất đi vào hoạt động và có doanh thu đầu ra thì nhà máy thực hiện kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại Hải Phòng. Đối với tổ hợp thứ hai và tổ hợp thứ ba vẫn đang trong giai đoạn tiếp tục xây dựng thì Nhà máy thực hiện kê khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư, bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của Nhà máy và đề nghị hoàn thuế GTGT tại Hải Phòng”

Tại khoản 3 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn: “b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.”

Căn cứ theo hướng dẫn nêu trên, trường hợp Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam là Chủ đầu tư xây dựng các dự án đường cao tốc, mỗi dự án được chia thành nhiều gói thầu khác nhau, khi một hoặc một số gói thầu đã hoàn thành, đủ điều kiện để thông xe kỹ thuật, được Tổng công ty đưa vào tạm khai thác và thu phí tạm trong khi dự án chưa hoàn thành thì Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam thực hiện khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư và thực hiện bù trừ thuế GTGT đầu vào của dự án với số thuế GTGT của hoạt động kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT (từ 300 triệu đồng trở lên) thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư, không hoàn theo trường hợp lũy kế 12 tháng liên tục vẫn còn số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết.

Tổng cục Thuế thông báo để Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam biết./.