Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Ninh Bình.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 3002/CT-KK&KTT ngày 26/9/2016 của Cục Thuế tỉnh Ninh Bình về chính sách thuế GTGT. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại khoản 5 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi gạch đầu dòng thứ nhất Khoản 3 Điều 9 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính như sau: “5. Sửa đổi gạch đầu dòng thứ nhất Khoản 3 Điều 9 như sau:

“3. Các trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% gồm:

- Tái bảo hiểm ra nước ngoài; chuyển giao công nghệ, chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ ra nước ngoài; chuyển nhượng vốn, cấp tín dụng, đầu tư chứng khoán ra nước ngoài; dịch vụ tài chính phát sinh; dịch vụ bưu chính, viễn thông chiều đi ra nước ngoài (bao gồm cả dịch vụ bưu chính viễn thông cung cấp cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan; cung cấp thẻ cào điện thoại di động đã có mã số, mệnh giá đưa ra nước ngoài hoặc đưa vào khu phi thuế quan); sản phẩm xuất khẩu là tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác; thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu sau đó xuất khẩu; hàng hoá, dịch vụ cung cấp cho cá nhân không đăng ký kinh doanh trong khu phi thuế quan, trừ các trường hợp khác theo quy định của Thủ tướng Chính phủ.

Thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu sau đó xuất khẩu thì khi xuất khẩu không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.””

Tại khoản 12 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính như sau: “a) Sửa đổi, bổ sung Khoản 3 như sau:

“3. Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

a) Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Trường hợp trong kỳ kê khai, cơ sở kinh doanh có số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh chưa được khấu trừ hết và số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 và khoản 3 Điều này theo quy định.

b) Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thi được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

…”

b) Sửa đổi, bổ sung Khoản 4 Điều 18 như sau:

“4. Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT cho hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.””

Tại Điều 83 Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật số 17/2008/QH12 ngày 03/6/2008 của Quốc hội quy định về việc áp dụng các văn bản quy phạm pháp luật như sau:

“1. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng từ thời điểm bắt đầu có hiệu lực. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp văn bản có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó.”

Căn cứ hướng dẫn nêu trên,

Trường hợp Công ty TNHH một thành viên xuất nhập khẩu The Vissai có xuất khẩu xi măng, clinker, đề nghị hoàn thuế kỳ tính thuế tháng 6/2016, hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế ngày 26/8/2016, doanh nghiệp đã dừng khấu trừ và đề nghị hoàn trên chỉ tiêu {42} của Tờ khai thuế GTGT tháng 6/2016, nếu sản phẩm xuất khẩu thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 0% thì Cục Thuế xem xét hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp theo quy định tại Thông tư số 26/2015/TT- BTC.

Trường hợp Công ty TNHH MTV khoáng sản Vôi Việt có hàng hóa xuất khẩu là vôi bột, có dự án đầu tư sản xuất sản phẩm vôi bột, đề nghị hoàn thuế kỳ tính thuế Quý II/2016 theo trường hợp hoàn thuế GTGT hàng hóa xuất khẩu và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư, hồ sơ hoàn thuế gửi đến cơ quan thuế ngày 22/9/2016; đã dừng khấu trừ và đề nghị hoàn trên chỉ tiêu {42} của Tờ khai thuế GTGT tháng 6/2016 và Quý II/2016, nếu sản phẩm xuất khẩu thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 0% và dự án đầu tư đáp ứng điều kiện theo quy định thì Cục Thuế xem xét hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp theo quy định tại Thông tư số 26/2015/TT-BTC.

Từ 01/7/2016, đề nghị Cục Thuế tỉnh Ninh Bình hướng dẫn các đơn vị thực hiện theo quy định tại Thông tư số 130/2016/TT-BTC và Nghị định 100/2016/NĐ-CP.

Tổng cục Thuế có ý kiến để Cục Thuế tỉnh Ninh Bình được biết./.