Bộ Tài chính đã có công văn số 2416/BTC-TCT ngày 27/2/2010 về việc thủ tục hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với hàng ủy thác xuất khẩu. Trong quá trình thực hiện, một số đơn vị nhận ủy thác xuất khẩu gạo như Tổng công ty Lương thực Miền Nam có vướng mắc về thủ tục sao gửi Tờ khai Hải quan, Hợp đồng xuất khẩu, Chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho bên ủy thác xuất khẩu, do liên quan đến tính chất bảo mật của các hợp đồng xuất khẩu đối với 3 thị trường tập trung (như Philippines, Malaysia và Indonesia). Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Trong trường hợp thực hiện các hợp đồng xuất khẩu, ủy thác xuất khẩu nêu trên, cơ quan thuế khi kiểm tra thủ tục hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu ủy thác căn cứ vào hướng dẫn tại Điểm 2 Mục I Phần G Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính; Bảng kê chi tiết tên hàng hóa, số lượng, đơn giá và doanh thu hàng đã xuất khẩu phù hợp với Tờ khai Hải quan về hàng hóa thực tế đã xuất khẩu có xác nhận của Tổng công ty Lương thực Miền Nam, xử lý tạm hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp theo chế độ và ghi nhận đơn vị nhận ủy thác xuất khẩu thiếu các chứng từ chưa cung cấp được cho bên ủy thác xuất khẩu như: Tờ khai Hải quan, Hợp đồng xuất khẩu, Chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Tổng công ty Lương thực Miền Nam quản lý lưu giữ các hồ sơ chứng từ cần bảo mật, chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính đúng đắn của các tài liệu liên quan đến tính chất bảo mật theo quy định và gửi văn bản thông báo cho các đơn vị ủy thác xuất khẩu biết về các hồ sơ chứng từ do Tổng công ty lưu giữ (đối với loại phải gửi cho bên ủy thác xuất khẩu).

Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc hoặc đề xuất, đề nghị các Cục Thuế phản ánh kịp thời về Tổng cục Thuế để có hướng dẫn giải đáp.