Trả lời công văn số 1435/VKHTLVN-TCKT ngày 8/10/2015 của Viện khoa học thủy lợi Việt Nam về thuế GTGT đối với dự án ODA không hoàn lại, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 3.4 Mục II Thông tư số 123/2007/TT-BTC ngày 23/10/2007 của Bộ Tài chính về thuế đối với dự án ODA quy định như sau:

“3.4. Trường hợp Nhà thầu chính (không phân biệt nhà thầu chính là đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ hay phương pháp trực tiếp) ký hợp đồng với Chủ dự án ODA hoặc Nhà tài trợ để thực hiện dự án ODA không hoàn lại với giá không bao gồm thuế GTGT thì Nhà thầu chính được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ để thực hiện hợp đồng ký với Chủ dự án, Nhà tài trợ. Việc hoàn thuế GTGT được thực hiện theo hướng dẫn tại Điểm 4, Mục V Thông tư này”.

Tại tiết b) khoản 1 Điều 50 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính về quản lý thuế quy định việc hoàn thuế đối với dự án ODA như sau:

“b) Hồ sơ hoàn thuế GTGT

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước theo mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào mẫu số 01-1/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này;

- Quyết định của cấp có thẩm quyền về việc phê duyệt dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại, dự án sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được ngân sách nhà nước cấp phát (bản chụp có đóng dấu và chữ ký xác nhận của người có thẩm quyền của dự án). Trường hợp hoàn thuế nhiều lần thì chỉ xuất trình lần đầu.

- Xác nhận của cơ quan chủ quản dự án ODA về hình thức cung cấp dự án ODA là ODA không hoàn lại hay ODA vay được ngân sách nhà nước cấp phát ưu đãi thuộc đối tượng được hoàn thuế giá trị gia tăng (bản chụp có xác nhận của cơ sở) và việc không được ngân sách nhà nước cấp vốn đối ứng để trả thuế giá trị gia tăng. Người nộp thuế chỉ phải nộp tài liệu này với hồ sơ hoàn thuế lần đầu của dự án.

Trường hợp nhà thầu chính lập hồ sơ hoàn thuế thì ngoài những tài liệu nêu tại điểm này, còn phải có xác nhận của chủ dự án về việc dự án không được ngân sách nhà nước bố trí vốn đối ứng để thanh toán cho nhà thầu theo giá có thuế giá trị gia tăng; giá thanh toán theo kết quả thầu không có thuế giá trị gia tăng và đề nghị hoàn thuế cho nhà thầu chính”.

Tại Quyết định số 1780/QĐ-UBND ngày 19/6/2013, UBND tỉnh Hà Tĩnh phê duyệt nội dung văn kiện Dự án “Quản lý nguồn nước tổng hợp và phát triển đô thị trong mối liên hệ với biến đổi khí hậu tại tỉnh Hà Tĩnh”, theo đó nguồn vốn thực hiện Dự án là vốn ODA viện trợ không hoàn lại.

Tại văn bản số 6217/UBND-TH1 ngày 8/12/2015, UBND tỉnh Hà Tĩnh xác nhận Dự án “Quản lý nguồn nước tổng hợp và Phát triển đô thị trong mối liên hệ với Biến đổi khí hậu tại Hà Tĩnh” sử dụng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại của Chính phủ Vương Quốc Bỉ và đối ứng từ Chính phủ Việt Nam, trong đó NSNN không bố trí vốn đối ứng để chi trả các khoản thuế GTGT đối với các hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam trong các hoạt động của Dự án.

Căn cứ các nội dung nêu trên, giao Cục Thuế thành phố Hà Nội kiểm tra cụ thể: trường hợp Viện khoa học thủy lợi Việt Nam ký Hợp đồng với chủ dự án là Ban điều phối dự án SRDP-IWWMC Hà Tĩnh để thực hiện gói thầu số 03/DVTV-IWWMC thuộc Dự án Quản lý nguồn nước tổng hợp và Phát triển đô thị trong mối liên hệ với Biến đổi khí hậu tại Hà Tĩnh, là dự án sử dụng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại của Chính phủ Vương Quốc Bỉ và vốn đối ứng từ Chính phủ Việt Nam; NSNN không bố trí vốn đối ứng để chi trả các khoản thuế GTGT đối với các hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam của Dự án và nếu Hợp đồng được ký với giá không có thuế GTGT thì Viện khoa học thủy lợi Việt Nam không tính thuế GTGT đầu ra khi lập hóa đơn thanh toán cho Ban điều phối dự án SRDP-IWWMC Hà Tĩnh nhưng được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, cung cấp theo Hợp đồng đã ký với Ban điều phối dự án SRDP-IWWMC Hà Tĩnh.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế thành phố Hà Nội và Viện khoa học thủy lợi Việt Nam biết./.