Tổng cục Thuế nhận được kiến nghị của Ban quản lý Dự án Nhà máy lọc dầu Dung Quất (Ban QLDA NMLD Dung Quất) tại công văn số 624/LDDQ-TCKT ngày 05/12/2011 và kiến nghị của Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi tại công văn số 137/CT-TTr ngày 17/01/2012 về việc thực hiện nghĩa vụ thuế theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước.

Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại khoản 1, Điều 23 Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định:

“1. Trong thời gian giải quyết khiếu nại, khởi kiện của người nộp thuế về số thuế do cơ quan quản lý thuế tính hoặc ấn định, người nộp thuế vẫn phải nộp đủ số tiền thuế đó, trừ trường hợp cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định tạm đình chỉ thực hiện quyết định tính thuế, quyết định ấn định thuế của cơ quan quản lý thuế.”

Tại Khoản 2, Điều 28 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế quy định:

“2. Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa theo các cách sau:

a) Bù trừ số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền phạt còn nợ, kể cả bù trừ giữa các loại thuế với nhau. …

- Trường hợp cơ quan thuế phát hiện người được hoàn thuế vẫn còn nghĩa vụ nộp các khoản thuế khác, nhưng người nộp thuế không đề nghị bù trừ số còn phải nộp trên Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước thì cơ quan thuế thực hiện bù trừ trên Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN, gửi người nộp thuế.”

Theo ý kiến của Kiểm toán Nhà nước tại công văn số 268/KTNN-TH ngày 19/9/2011: Ban QLDA NMLD Dung Quất phối hợp với Nhà thầu Technip kê khai, nộp bổ sung thuế giá trị gia tăng (GTGT) tính trên giá trị chênh lệch (giá trị chi phí khác) của giá trị thiết bị nhập khẩu là 146.140.727.119 đồng, số thuế GTGT này sẽ được điều chỉnh khi có văn bản quyết toán thuế của Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi.

Theo Ban QLDA NMLD Dung Quất tại công văn số 624/LDDQ-TCKT ngày 05/12/2011 thì số tiền thuế giá trị gia tăng nêu trên phát sinh từ Hợp đồng số 051705/PV-TPC ngày 17/5/2005 (gói thầu EPC 1+4&2+3) giữa Ban QLDA NMLD Dung Quất với Nhà thầu Technip.

Theo báo cáo của Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi tại công văn số 137/CT-TTr ngày 17/01/2012 thì Nhà thầu Technip vừa có số thuế được hoàn theo kết luận thanh tra (khoảng trên 81 tỷ đồng) vừa số thuế phải nộp theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước (khoảng trên 146 tỷ đồng).

Căn cứ quy định trích dẫn nêu trên, kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước, báo cáo của Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi và báo cáo của Ban QLDA NMLD Dung Quất về việc thực hiện Hợp đồng số 051705/PV-TPC ngày 17/5/2005, gói thầu EPC 1+4&2+3, thuộc dự án NMLD Dung Quất, Tổng cục Thuế hướng dẫn thực hiện như sau:

- Ban QLDA NMLD Dung Quất phối hợp với Nhà thầu Technip nộp bổ sung số thuế giá trị gia tăng theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước vào Ngân sách Nhà nước theo quy định.

- Trường hợp Nhà thầu Technip có hồ sơ đề nghị hoàn thuế đã được Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi kiểm tra, xác định có số tiền thuế được hoàn, Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi hướng dẫn Tổ hợp nhà thầu Technip thực hiện nộp thuế, bù trừ giữa số tiền thuế phải nộp và số tiền thuế được hoàn theo quy định.

- Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi, Nhà thầu Technip tổ chức thực hiện quyết toán nghĩa vụ thuế đối với Hợp đồng số 051705/PV-TPC ngày 17/5/2005, gói thầu EPC 1+4&2+3, thuộc dự án NMLD Dung Quất theo quy định.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế tỉnh Quảng Ngãi, Ban QLDA NMLD Dung Quất, Nhà thầu Technip biết và thực hiện.